python - Samtools 共享库 libcrypto.so.1.0.0 未找到

Question

我正在尝试使用从 main.yml 文件安装的包来运行 Snakemake 管道。该软件包的依赖项之一是 samtools，以前，将依赖项列为 samtools 似乎不会遇到任何问题。

实际的yml文件是:

name: yevo_pipeline_env
channels:
  - defaults
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - bcftools
  - bedtools=2.27.1
  - biopython=1.71
  - bwa=0.7.15
  - fastqc=0.11.9
  - freebayes=1.0.2
  - gatk=3.7
  - htslib
  - lofreq
  - numpy=1.16.6
  - perl
  - r-base
  - picard=2.23.3
  - pip=19.3.1
  - python
  - samtools
  - vcftools=0.1.16
  - zlib=1.2.11
  - libgcc-ng
  - xz

我在网上读到，一种解决方案是强制重新安装 samtools，但我不确定如何使用 YAML 文件执行此操作。

我尝试将 samtools=1.9 安装到基础环境中，但存在一些包冲突。

我还尝试了 conda env update --name myenv --file local.yml --prune，但这也没有解决错误。

Answer 1

channel 顺序不正确。 Using Bioconda channel packages requires :

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

这是 Bioconda 在构建软件包时使用的内容。不同 channel 上的共享库不一定使用相同的堆栈构建，因此交换 defaults channel 包而不是 conda-forge 可以 lead to shared library errors .