python - 无法访问biopython成对对齐中的各个对齐字符串

Question

我正在尝试访问由biopython中的成对对齐器生成的对齐对象中的各个字符串，但没有到达任何地方。我正在谈论已经对齐的序列，显示出间隙，如 print(alignment) 给出的那样，但试图单独获取它们甚至切片。文档规定这是可能的，但我遇到了错误。

from Bio import Align
aligner = Align.PairwiseAligner(mode='global',gap_score=-5)
my_target= 'CAGGTGCAGCTGGTGCAGAGCGGCGCGGAAGTGAAAAAACCGGGCAGCAGCG'
my_query='CAGTGCAGCTGGTGCAGAGCGACGCGGAAGTGAAAAAACCGGGAGCAGCG'
aln= aligner.align(my_target,my_query)
print(aln[0])

结果是:

CAGGTGCAGCTGGTGCAGAGCGGCGCGGAAGTGAAAAAACCGGGCAGCAGCG
|||-||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||-|||||||
CAG-TGCAGCTGGTGCAGAGCGACGCGGAAGTGAAAAAACCGGG-AGCAGCG

现在，我想单独获取底行中的“查询”序列。 我可以访问 aln[0].query 但这似乎只是裸查询序列没有对齐(有间隙)。

文档规定对齐对象应该是可迭代的以对其进行切片，但这根本不起作用。

我得到的是:

aln.alignment[1]

File c:\Anaconda3\lib\site-packages\Bio\Align\__init__.py:1024, in PairwiseAlignment.__getitem__(self, key)
   1022     raise NotImplementedError
   1023 if isinstance(key, int):
-> 1024     raise NotImplementedError
   1025 if isinstance(key, tuple):
   1026     try:

NotImplementedError:

文档:

我希望得到一些帮助和指点。 干杯。

Answer 1

回答自己的问题。 在biopython 1.81和python 3.11.3中，对齐对象似乎是可迭代的，并且每次迭代都可以进一步迭代以访问显示删除/插入的对齐字符串。 所以在我正在做的原始问题的代码中:

aln[0][1]

获取:

CAG-TGCAGCTGGTGCAGAGCGACGCGGAAGTGAAAAAACCGGG-AGCAGCG

或分割字符串:

aln[0][1][start:stop]  

它在 python 3.9.12 中不起作用(尝试 aln[0][N] 时出现“未实现”错误)，N 为 0 或 1。