r - 分配一个大矩阵

Question

我正在使用bigmemory包。我想计算w。我的v长度是478000，k长度是240500。两个矩阵相乘w非常大。

我通过循环运行代码，但它仍在运行并且尚未完成，我不知道是否会给我结果。

我尝试在没有 for 循环的情况下计算它，但我得到了错误。请帮助纠正我的代码以使其更快。

v <-read.big.matrix('v.dat',type='double')
k <-read.big.matrix('k.dat',type='double')
m=length(v);
n=length(k);
for(i in 1:m)
{
    for(j in 1:n)
    {
       w[i,j] = 2 * cos(dt * v[i] * k[j]) - 2
    }
}

我如何在循环之前定义 w，因为 w 的大小非常大，我不能像 w <- matrix(nr,ncol) 那样做.

Answer 1

预分配矩阵可以这样完成:

m = matrix(rep(0, number_or_rows*number_of_columns), 
     number_of_rows, number_of_columns))

这将创建一个矩阵，其中的行数和列数在变量 number_of_rows 和 number_of_columns 中定义，最初全部填充为 0。

可能出现的问题是，由于 w 的大小与 v 和 k 相同，因此您很可能会运行填充w时出现内存问题。您还可以通过使用 w 的 bigmemory 矩阵或分块运行分析来解决此问题。