以下内容已在 Debian squeeze 上使用 R 2.15.3、ggplot2 0.9.3.1 和 gtable 0.1.2 进行测试。
在调试这个ggplot2问题的过程中 multiple calls to annotation_custom fail in certain cases ，我遇到了一些我不知道如何调试的事情。我已经在 Bitbucket 中创建了一个包含相关信息的存储库 github-ggplot2-817 .
相关README下面复制了该存储库中的内容。 如果你不想使用Mercurial，相关的 带有序列化R数据的文件可以直接从addgrob.asc.save下载.
要重现 addgrob.asc.save，您可以使用 https://bitbucket.org/faheem/gtable-debian 中的 Debian 包。 ，或者如果您愿意，只需对 gtable 进行补丁，即 gtableaddgrob.diff ，以及脚本 save.R .
问题摘要:在对象上运行 R 的 str 函数(此处称为 x)
如果加载了 ggplot2，则会出现错误，否则不会出现错误。我不确定发生了什么事
所以任何指示将不胜感激。
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要重现此错误，请执行以下操作。
启动 R。然后
> ls()
character(0)
> load("addgrob.asc.save")
> ls()
[1] "grobs" "layout" "x"
> str(x, max.level=1)
List of 10
$ grobs :List of 8
$ layout :'data.frame': 8 obs. of 7 variables:
$ widths :Class 'unit' atomic [1:6] 1.5 6.096 0.762 1.961 0 ...
.. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
.. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
$ heights :Class 'unit' atomic [1:7] 1.5 2.53 1.52 6.1 6.1 ...
.. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
.. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
$ respect : logi FALSE
$ rownames: NULL
$ colnames: NULL
$ name : chr "layout"
$ gp : NULL
$ vp : NULL
- attr(*, "class")= chr [1:3] "gtable" "grob" "gDesc"
## Now update x
> x$grobs <- c(x$grobs, grobs)
> x$layout <- rbind(x$layout, layout)
> str(x, max.level=1)
List of 10
$ grobs :List of 11
$ layout :'data.frame': 11 obs. of 7 variables:
$ widths :Class 'unit' atomic [1:6] 1.5 6.096 0.762 1.961 0 ...
.. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
.. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
$ heights :Class 'unit' atomic [1:7] 1.5 2.53 1.52 6.1 6.1 ...
.. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
.. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
$ respect : logi FALSE
$ rownames: NULL
$ colnames: NULL
$ name : chr "layout"
$ gp : NULL
$ vp : NULL
- attr(*, "class")= chr [1:3] "gtable" "grob" "gDesc"
> library(ggplot2)
> str(x, max.level=1)
List of 11
$ grobs :List of 11
$ layout :'data.frame': 11 obs. of 7 variables:
$ widths :Class 'unit' atomic [1:6] 1.5 6.096 0.762 1.961 0 ...
.. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
.. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
$ heights :Class 'unit' atomic [1:7] 1.5 2.53 1.52 6.1 6.1 ...
.. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
.. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
$ respect : logi FALSE
$ rownames: NULL
$ colnames: NULL
$ name : chr "layout"
$ gp : NULL
$ vp : NULL
$ NA:Error in object[[i]] : subscript out of bounds
加载ggplot2不会导致早期版本的x出错
输出str。
> ls()
character(0)
> load("addgrob.asc.save")
l> ls()
[1] "grobs" "layout" "x"
> library(ggplot2)
> str(x, max.level=1)
List of 8
$ grobs :List of 8
$ layout :'data.frame': 8 obs. of 7 variables:
$ widths :Class 'unit' atomic [1:6] 1.5 6.096 0.762 1.961 0 ...
.. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
.. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
$ heights :Class 'unit' atomic [1:7] 1.5 2.53 1.52 6.1 6.1 ...
.. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
.. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
$ respect : logi FALSE
$ rownames: NULL
$ colnames: NULL
$ name : chr "layout"
- attr(*, "class")= chr [1:3] "gtable" "grob" "gDesc"
traceback() 的输出是
> traceback()
2: str.default(x, max.level = 1)
1: str(x, max.level = 1)
附录:在Python中，可以进行设置，以便将执行函数时调用的所有代码行都写入文件中。这可能相当庞大，但如果这在R中是可能的，那将有助于澄清事情。我进行了 Google 搜索，但我想到的只是各种调试实用程序。
ADDENDUM2:我创建了问题 The str function fails with error on ggplot2 objects为此。
最佳答案
可以使用以下命令更简单地重新创建错误:
x[11]
我认为发生的情况是您的“x”对象是在具有“[”-“gtable”对象方法的工作环境中创建的。现在，您将其带回最初没有的工作区，然后随着 ggplot2 的加载，现在 ggplot2 引用了某种“[”方法，即使 gtables 包仍未加载。
我无法通过加载 pkg:gtable 来解决问题。但我不相信“gtable”是一个正确形成的包，因为尽管 require(gtable) 报告成功，但 sessionInfo() 拒绝报告其注册。
> require(gtable)
Loading required package: gtable
> `[.gtable`(x, 11)
Error: could not find function "[.gtable"
No suitable frames for recover()
> x[11]
Error in if (any(index < 0)) { : missing value where TRUE/FALSE needed
Enter a frame number, or 0 to exit
1: x[11]
2: `[.gtable`(x, 11)
3: x$heights[rows]
4: `[.unit`(x$heights, rows)
Selection: 0
> sessionInfo()
R version 3.0.0 RC (2013-03-31 r62463)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] grid grDevices datasets splines graphics utils stats
[8] methods base
other attached packages:
[1] gtable_0.1.2 RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-5
[4] data.table_1.8.8 gplots_2.11.0 MASS_7.3-26
[7] KernSmooth_2.23-10 caTools_1.14 gdata_2.12.0
[10] gtools_2.7.1 ggplot2_0.9.3.1 gridExtra_0.9.1
[13] HH_2.3-36 colorspace_1.2-1 reshape_0.8.4
[16] plyr_1.8 latticeExtra_0.6-24 RColorBrewer_1.0-5
[19] leaps_2.9 multcomp_1.2-17 mvtnorm_0.9-9994
[22] rms_3.6-3 Hmisc_3.10-1 survival_2.37-4
[25] sos_1.3-5 brew_1.0-6 lattice_0.20-15
loaded via a namespace (and not attached):
[1] cluster_1.14.4 dichromat_2.0-0 digest_0.6.3 fortunes_1.5-0
[5] labeling_0.1 munsell_0.4 proto_0.3-10 reshape2_1.2.2
[9] scales_0.2.3 stringr_0.6.2 tools_3.0.0
(我确实安装了 gtable 0.1.2。)
附录:可以用此代码重现:
test <- data.frame(x=1:20, y=21:40,
facet.a=rep(c(1,2), 10),
facet.b=rep(c(1,2), each=20))
p <- qplot(data=test, x=x, y=y, facets=facet.b~facet.a)
# get gtable object
z <- ggplot_gtable(ggplot_build(p))
length(z)
#[1] 16
z[16] # drops into browser
关于r - 如果加载了 ggplot2 包，则在对象上调用 `str` 会出错，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/17127339/