r - 解释 hclust/heatmap.2 中 'cutree' 的结果

Question

我有以下代码来执行层次聚类和绘图 它们在热图中。

set.seed(538)
# generate data
y <- matrix(rnorm(50), 10, 5, dimnames=list(paste("g", 1:10, sep=""),
paste("t", 1:5, sep="")))
# the actual data is much larger that the above

# perform hiearchical clustering and plot heatmap
test <- heatmap.2(y)

我想要做的是打印每个层次结构中的集群成员 情节中的。我不确定什么是最好的方法。

我尝试过这个:

cutree(as.hclust(test$rowDendrogram), 1:dim(y)[1])

但是在解释结果时遇到问题。 矩阵中每个值的含义是什么？ 例如 g9-9=8 。 8在这里意味着什么？

    1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
g1  1 1 1 1 1 1 1 1 1  1
g2  1 2 2 2 2 2 2 2 2  2
g3  1 2 2 3 3 3 3 3 3  3
g4  1 2 2 2 2 2 2 2 2  4
g5  1 1 1 1 1 1 1 4 4  5
g6  1 2 3 4 4 4 4 5 5  6
g7  1 2 2 2 2 5 5 6 6  7
g8  1 2 3 4 5 6 6 7 7  8
g9  1 2 3 4 4 4 7 8 8  9
g10 1 2 3 4 5 6 6 7 9 10

我们将非常感谢您的专家建议。

Answer 1

列j告诉您如果您想要精确的j组，您的g应该如何分组。

列 1 和 10 不是很有用，但也许列 2 是一个很好的例子。它告诉您，如果您想要恰好两个组，那么它们将是:

group1: {g1, g5}
group2: {g2, g3, g4, g6, g7, g8, g9, g10}