r - 自定义 R 查找共享对象的位置？

Question

这个问题类似于this previous question关于 RcppArmadillo。

一些快速上下文:

我目前必须在 CentOS 5 系统上工作。当然，CentOS 5 自带的编译器太旧了，所以我们安装了 gcc-4.8.3。现在，其他人担心与旧编译器的向后兼容性，因此新的 gcc 被放置在 opt 目录中。为了使用升级后的 g++，我必须使用 Sys.setenv

在 R 中设置 LD_LIBRARY_PATH

Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH = "/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib:/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64")

现在，我还需要安装 RcppArmadillo 的存档版本。我从 CRAN 获取存档包并安装:

install.packages("RcppArmadillo_0.3.930.1.tar.gz", repose=NULL, type="source")

这似乎工作没有问题，但当我尝试加载库时，出现以下错误:

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
  unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so':
  /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found (required by /usr/lib64/R/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so)

据我了解，找到的 libstdc++.so 文件太旧，即不是 opt 目录中较新的文件。我认为可以通过上面设置 LD_LIBRARY_PATH 来解决这个问题，但它似乎仍在寻找/usr/lib64/。有什么方法可以让 R 在其他目录中查找以获取适当的 so 文件吗？当然，如果我做了一些奇怪的事情会导致这种情况，我愿意接受其他解决方案(除了覆盖旧的 gcc 版本)。

编辑

我还注意到，安装后，-shared 再次显示 usr/ 路径，而不是 opt/ 路径。这就是我想要更新的内容，因此 R 还将搜索 opt 目录。

* installing *source* package âRcppArmadilloâ ...
** package âRcppArmadilloâ successfully unpacked and MD5 sums checked
* checking LAPACK_LIBS divide-and-conquer complex SVD unavailable via R-supplied LAPACK
* divide-and-conquer algorithm for complex SVD will be redirected to default
** libs
g++ -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/usr/lib64/R/library/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -Wno-variadic-macros -c RcppArmadillo.cpp -o RcppArmadillo.o
g++ -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/usr/lib64/R/library/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -Wno-variadic-macros -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/usr/lib64/R/library/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -Wno-variadic-macros -c fastLm.cpp -o fastLm.o
g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o RcppArmadillo.so RcppArmadillo.o RcppExports.o fastLm.o -L/usr/lib64/R/lib -lRlapack -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -L/usr/bin/gfortran -L/usr/lib64/R/lib -lR

更新

我还尝试通过设置 PKG_LIBS + 在 .R 目录中创建 Makevars 文件来手动附加 opt 目录= -L$(OPT_PATH)，其中 OPT_PATH =/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64。编译期间的 shared 行如下所示:

g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o RcppArmadillo.so RcppArmadillo.o RcppExports.o fastLm.o -L/usr/lib64/R/lib -lRlapack -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -L/usr/bin/gfortran -L/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64 -L/usr/lib64/R/lib -lR

但我仍然遇到同样的错误:

/usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found 

更奇怪的是(至少对我来说)，运行 ldd 会显示 RcppArmadillo.so 文件指向正确的文件。

ldd /usr/lib64/R/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so
...
libstdc++.so.6 => /opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64/libstdc++.so.6 (0x00002ae950a3d000)
...

其中确实包含GLIBCXX_3.4.9

Answer 1

我最终找到了当前系统的解决方案。我需要与我们的 IT 部门协调以获得临时 sudo 权限。然后，切换到 root 后，我​​需要导出以下两个环境变量。

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib:/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64
export LD_RUN_PATH=/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib:/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64

然后，我仍然以 root 身份打开 R 并运行

install.packages('RcppArmadillo')

这会在 CentOS 5.8 系统上安装最新的 RcppArmadillo 软件包，并在 opt 中的非标准位置安装 gcc-4.8.3 编译器。我通过切换到普通用户并成功加载包来验证安装是否有效。