sed 多行命令不起作用

Question

我正在使用 sed 将 14 个不同的缩写(例如 CA_23456、CB_scaffold34532...)替换为文件中的“正确”名称，并且可以将所有缩写放在一行中。

acc=$1

sed -e 's/CA_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_arizonica/;s/CB_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_bakeri/;s/CM_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_macrocarpa/;s/CS_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Cupressus_sempervirens/;s/CT_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Cupressus_torulosa/;s/JD_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_drupacea/;s/JF_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_flaccida/;s/JI_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_indica/;s/JP_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_phoenicea/;s/JX_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_procera/;s/JS_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_scopulorum/;s/MD_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Microbiota_decussata/;s/XN_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Xanthocyparis_nootkatensis/;s/XV_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Xanthocyparis_vietnamensis/'  ${acc}.nex > ${acc}_replaced.nex

为了使其更具可读性，我希望使用“\”将命令拆分为多行(为简洁起见，并未显示所有替换内容)

acc=$1

sed -e 's/CA_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_arizonica/;\
s/CB_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_bakeri/;\
s/CM_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_macrocarpa/'\
${acc}.nex > ${acc}_replaced.nex

但是，我收到一条错误消息:sed:-e表达式#1，字符168:未终止的地址正则表达式。我已经在各种网络论坛上查看了类似问题的答案，并尝试了各种方法(在每一行上使用's/.../.../'，留下';'，......)但我不能让它发挥作用。我做错了什么？

Answer 1

删除转义换行符的\。 (他们实际上并没有这样做!，他们被 sed 解释为错误的语法)。不过，我建议将其放入文件中并像这样运行:

sed -f script.sed input

其中 script.sed 如下所示:

s/CA_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_arizonica/
s/CB_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_bakeri/
s/CM_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_macrocarpa/