Python子进程.Popen : redirection with ">" does not work

Question

以下代码在 Python 中无法正常运行。问题是输出没有通过使用 > 重定向到 output:

command = toolpath + " " + query + " " + number + " > " + output;
process = subprocess.Popen(command.split(), stdout=subprocess.PIPE);
output = process.communicate()[0];

如果打印它，命令实际上如下:

./subsetA.pl ./remainingqueries.fasta 100 > ./tmpQuery.fasta

因此，perl 脚本 subsetA.pl 接受两个参数并将其写入 stdout，后者被重定向到 tmpQuery.fasta。但是调用该命令后，tmpQuery.fasta 为空。

如果我直接在 CLI 上运行它，那么它就可以完美运行。

Answer 1

您不需要使用 Popen shell 的输出重定向运算符；这就是 stdout 参数的用途。

command = [toolpath, query, number]
with open(output) as output_fh:
    process = subprocess.Popen(command, stdout=output_fh)

由于您正在调用 communicate 来获取标准输出，因此您根本不想重定向输出:

command = [toolpath, query, number]
process = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE)
output = process.communicate()[0]