r - UpsetR:添加数字标签以设置绘图大小

Question

是否有任何方法可以在 UpsetR 中的设置大小栏顶部添加标签，类似于主交集图的 show.numbers ？

test <- upset(grouped_hot,
              sets                = c("A", "B", "C", "N"),
              nintersects         = 8,
              mb.ratio            = c(0.6, 0.4),
              sets.x.label        = "Number of Patients",
              sets.bar.color      =  "#56B4E9",
              mainbar.y.label     = "Number of Patients",
              order.by            = "freq",
              empty.intersections = "on",
              keep.order          = FALSE,
              scale.sets          = "identity",
              att.pos             = "top",
              text.scale          = c(2.5, 2.5, 2, 1.5, 2.5, 2.5))

预期结果是在每个设置的尺寸条上都有标签，说明尺寸。

Answer 1

可以使用 set_size.show 来做到这一点:

test <- upset(grouped_hot, sets= c("A", "B", "C", "N"), 
        nintersects = 8, 
        mb.ratio = c(0.6, 0.4), 
        ...
        att.pos = "top", 
        text.scale = c(2.5,2.5,2,1.5,2.5,2.5),
        set_size.show = TRUE)

但是，Cran 上当前的软件包版本不支持此参数，因此您应该在开发模式下工作(使用 devtools)。该过程写得很好:https://github.com/hms-dbmi/UpSetR/pull/104#issuecomment-376245215 。

确保在处于开发模式时加载包。如果您之前加载它，它会从保存在存储库中的 cran 加载版本。

最好，安娜