r - 创建一列包含矩阵的 data.frames

Question

我想创建一个矩阵列表列，其中每个矩阵的条目都是原始数据集中已存在的变量的元素。我的目标是为数据集的每一行创建 2 x 2 列联表，然后将每个矩阵作为参数传递给 fisher.test。

我尝试使用 mutate 和 matrix 的组合添加新列，但这会返回错误。我还尝试使用 do 而不是 mutate ，这似乎是朝着正确方向迈出的一步，但我知道这也是不正确的，因为元素的尺寸是关闭，并且输出中只有一行。

library(tidyverse)

mtcars %>% 
  mutate(mat = matrix(c(.$disp, .$hp, .$gear, .$carb)))
#> Error: Column `mat` must be length 32 (the number of rows) or one, not 128

mtcars %>% 
  do(mat = matrix(c(.$disp, .$hp, .$gear, .$carb)))
#> # A tibble: 1 x 1
#>   mat            
#>   <list>         
#> 1 <dbl [128 x 1]>

^{由 reprex package 创建于 2019-06-05 (v0.2.1)}

我期望输出中有 32 行，并且 mat 列包含 32 个 2x2 矩阵，这些矩阵由来自 mtcars$disp、mtcars$hp< 的条目组成、mtcars$gear 和 mtcars$carb。

我的目的是使用 map 将 mat 列中的每个条目作为参数传递给 fisher.test，然后提取赔率比率估计值和 p 值。但当然，主要焦点是矩阵列表的创建。

Answer 1

您有两个问题:

• 要将矩阵存储在 data.frame (tibble) 中，您只需将其放入列表中即可。
• 要创建 2 x 2 矩阵(而不是在每个单元格中重复相同的 4 x 32 矩阵)，您需要逐行工作。目前，当您执行 Matrix(c(disp, hp, gear, carb)) 时，您会创建一个 4 x 32 矩阵!您只需要 4 x 1 输入，并将其 reshape 为 2 x 2。

使用 pmap 可以让您逐行处理行，但您也可以使用按行分组的 rowwise:

library(tidyverse)
df <- 
  mtcars %>% 
    as_tibble() %>%
    rowwise() %>%
    mutate(mat = list(matrix(c(disp, hp, gear, carb), 2, 2)))

编辑:现在你如何实际使用它们？让我们以fisher.test 为例。请注意，测试是一个复杂的对象，具有组件(如 p.value)和属性，因此我们必须将它们存储在列表列中。

您可以继续按行工作，在这种情况下，列表会自动“取消列出”:

df %>%
  # keep in mind df is still grouped by row so 'mat' is only one matrix.
  # A test is a complex object so we need to store it in a list-column
  mutate(test = list(fisher.test(mat)), 
         # test is just one test so we can extract p-value directly 
         pval = test$p.value)

或者，如果您停止逐行工作(为此，您只需取消分组)，则 mat 是一个可以将函数映射到的矩阵列表。我们使用 purrr 中的 map 函数。

library("purrr")

df %>%
  ungroup() %>%
  # Apply the test to each mat using `map` from `purrr` 
  # `map` returns a list so `test` is a list-column
  mutate(test = map(mat, fisher.test), 
         # Now `test` is a list of tests... so you need to map operations onto it 
         # Extract the p-values from each test, into a numeric column rather than a list-column
         pval = map_dbl(test, pluck, "p.value"))

您更喜欢哪一个取决于品味:)