r - 将中间列表输出保存在 dplyr 管道中，并将其映射回管道下游的另一个列表 - R

Question

我正在使用 dplyr 管道在数据集中的组上运行 pcas。我从 group_split 开始，所以正在处理一个列表。为了运行 prcomp() 函数，只能包含每个列表的 numeric 列，但我希望引入 factor 列最后返回绘图。我尝试使用 { 保存中间输出。 ->> temp} 通过管道的一半，但由于它是一个列表，我不知道在绘图时如何索引分组列。

library(tidyverse)
library(ggbiplot)

iris %>%
  group_split(Species, keep = T) %>% #group by species, one pca per species
  {. ->> temp} %>%  # save intermediate output to preserve species column for use in plotting later
  map(~.x %>% select_if(is.numeric) %>% select_if(~var(.) != 0) %>% 
        prcomp(scale. = TRUE))%>% #run pca on numeric columns only
  map(~ggbiplot(.x), label=temp$Species)#plot each pca, labeling points as species names form the temporary object

这可以为iris数据集中的每个物种生成一个主成分分析图，但由于temp$species = NULL，这些点没有被标记。

Answer 1

如果您使用 map2() 并将 .y 参数作为物种列表传递，您可以获得我认为您想要的结果。请注意，在原始代码中，labels 参数位于 ggbiplot() 函数之外，因此被忽略。

library(tidyverse)
library(ggbiplot)

iris %>%
  group_split(Species, keep = T) %>% 
  {. ->> temp} %>%  
  map(~.x %>% 
        select_if(is.numeric) %>%
        select_if(~var(.) != 0) %>% 
        prcomp(scale. = TRUE)) %>% 
  map2(map(temp, "Species"), ~ggbiplot(.x, labels = .y))

为了回应您的评论，如果您想添加第三个参数，您可以使用 pmap() 而不是 map2()。在下面的示例中，将向 pmap() 传递 ggbiplot() 参数的(嵌套)数据列表。请注意，我更改了 new 变量，使其成为一个因素，而不是跨组的常数。

iris %>%
  mutate(new = factor(sample(1:3, 150, replace = TRUE))) %>%
  group_split(Species, keep = T) %>% 
  {. ->> temp} %>%  
  map(~.x %>% 
        select_if(is.numeric) %>%
        select_if(~var(.) != 0) %>% 
        prcomp(scale. = TRUE)) %>% 
  list(map(temp, "Species"), map(temp, "new")) %>%
  pmap(~ ggbiplot(pcobj = ..1, labels = ..2, groups = ..3))