r - 如何从矩阵中仅获取一个连接

Question

我有一个矩阵，如下所示

       ID_1 ID_2 ID_3 ID_4 ID_8 ID_5 ID_7 ID_100
ID_1      0    1    1    1  Inf    2    2    Inf
ID_2      1    0    2    1  Inf    1    2    Inf
ID_3      1    2    0    2  Inf    3    1    Inf
ID_4      1    1    2    0  Inf    2    1    Inf
ID_8    Inf  Inf  Inf  Inf    0  Inf  Inf      1
ID_5      2    1    3    2  Inf    0    3    Inf
ID_7      2    2    1    1  Inf    3    0    Inf
ID_100  Inf  Inf  Inf  Inf    1  Inf  Inf      0

我使用了 as.data.frame.table 和 filter 因为我只想要那些具有 3 的值。输出看起来像

  nodeA nodeB score
1  ID_5  ID_3     3
2  ID_3  ID_5     3
3  ID_7  ID_5     3
4  ID_5  ID_7     3

我写的代码

mat_pi_lon <- as.data.frame.table(mat, responseName = "score") %>%
  filter(score ==3) %>%
  rename(nodeA = Var1, nodeB = Var2)

但是，我的实际预期输出如下所示。因为，ID_3 ID_5 3 和 ID_5 ID_3 3 是相同的(就概念而言)。因此，我只想要 ID_3 ID_5 3，而不是 ID_5 ID_3 3。

  nodeA nodeB score
1  ID_3  ID_5     3
2  ID_5  ID_7     3

是否可以减少输出？

可重复的数据

structure(c(0, 1, 1, 1, Inf, 2, 2, Inf, 1, 0, 2, 1, Inf, 1, 2, 
Inf, 1, 2, 0, 2, Inf, 3, 1, Inf, 1, 1, 2, 0, Inf, 2, 1, Inf, 
Inf, Inf, Inf, Inf, 0, Inf, Inf, 1, 2, 1, 3, 2, Inf, 0, 3, Inf, 
2, 2, 1, 1, Inf, 3, 0, Inf, Inf, Inf, Inf, Inf, 1, Inf, Inf, 
0), .Dim = c(8L, 8L), .Dimnames = list(c("ID_1", "ID_2", "ID_3", 
"ID_4", "ID_8", "ID_5", "ID_7", "ID_100"), c("ID_1", "ID_2", 
"ID_3", "ID_4", "ID_8", "ID_5", "ID_7", "ID_100")))

Answer 1

您可以先将 upper.tri 替换为 NA，从而节省一些步骤。

library(dplyr)
mat %>%
  replace(., upper.tri(.), NA) %>%
  as.data.frame.table(responseName="score") %>%
  filter(score %in% 3)
#   Var1 Var2 score
# 1 ID_5 ID_3     3
# 2 ID_7 ID_5     3

使用基础 R:

mat[upper.tri(mat)] <- NA
d <- as.data.frame.table(mat, responseName="score")
d[d$score %in% 3, ]
#    Var1 Var2 score
# 22 ID_5 ID_3     3
# 47 ID_7 ID_5     3