python - 在 IPython Notebook 中检索或存储 AWS Neptune ML 中的 Gremlin 查询结果

Question

我有一个存储在 AWS Neptune 上的图形数据库，我需要在 Jupyter IPython 笔记本中使用 gremlin 进行查询。我正在应用 Neptune ML 提供的图神经网络功能来执行链接预测任务。具体来说，我想预测“TYPE_X”的哪些节点与变量“id_variable”中保存的节点相关。

我的查询如下所示:

%%gremlin
g.with("Neptune#ml.endpoint","${endpoint}").
    V(${id_variable}).
    project('name', 'related to').
        by('name').
        by( out('RELATED_TO').with("Neptune#ml.prediction").
            hasLabel('TYPE_X').values('name') ).
    order(local).by(keys, desc)

返回以下输出:

{'name': 'AANAT', 'related to': 'WDR7'}
{'name': 'ACACA', 'related to': 'BTN1A1'}
{'name': 'ACTA1', 'related to': 'MDH'}
{'name': 'ALAS1', 'related to': 'WDR7'}
{'name': 'ALAS2', 'related to': 'TAC3'}
{'name': 'ALDH2', 'related to': 'SOCS2'}
{'name': 'ALDOA', 'related to': 'PRKAB2'}
{'name': 'AKR1B1', 'related to': 'ODF2L'}
{'name': 'ALOX15', 'related to': 'BMP15'}

我的问题是这个输出显示为嵌入在笔记本单元的输出中；但是，我想将其分配给变量或将其存储到文件中，例如作为 JSON。事实上，我无法使用 %%gremlin 单元魔术进行变量赋值，到目前为止我还没有找到任何方法将输出写入文件。

请注意，我无法通过 gremlin_python 库在正常的 .py 脚本中运行此查询，因为它似乎不支持 Neptune 的 ML 功能(具体来说，它会在 .with("Neptune#ml.endpoint","${endpoint}") 语法)。

欢迎任何建议!

提前谢谢您。

Answer 1

您尝试过使用 --store-to(或 -s)param – 指定用于存储查询结果的变量的名称。 ？

%%gremlin --store-to results
g.with("Neptune#ml.endpoint","${endpoint}").
    V(${id_variable}).
    project('name', 'related to').
        by('name').
        by( out('RELATED_TO').with("Neptune#ml.prediction").
            hasLabel('TYPE_X').values('name') ).
    order(local).by(keys, desc)

并检查下一个单元格中的结果变量