r - 对数据帧列表进行最佳非线性拟合

Question

我有一个数据帧列表，我想计算列表中每个数据帧的非线性最佳拟合，并获取包含最佳拟合对象的列表。我正在尝试使用 lapply，但我遇到参数问题。

# define a function for D
fncTtr <- function(n,d) (d/n)*((sqrt(1+2*(n/d))-1))
# define a function for best fit
bestFitD <- function(dat,fun) {
 res <- nls(dat$ttr~fun(n,d),data=dat,start=list(d=25),trace=T)
 return(res)
}

resL <- lapply(dData2,bestFitD,dat=dData2,fun=fncTtr)

当我执行此代码时，出现以下错误:

Error in FUN(X[[1L]], ...) : unused argument(s) (X[[1]])

我希望 lapply 遍历 dData2 中的每个数据帧并执行 bestFitD 函数。我应该如何定义 lapply.h 中函数的参数？ dData2 对象是一个列表。我将它用作 bestFitD 的参数，但该函数需要一个数据帧作为参数。我该如何定义这个参数？当我使用一个数据帧单独执行函数 bestFitD 时，它运行正确。包含数据帧组件的 dData2 列表示例:

$`1`
    n    ttr      d id
1  35 0.6951 27.739  1
2  36 0.6925 28.072  1
3  37 0.6905 28.507  1
4  38 0.6887 28.946  1
5  39 0.6790 28.003  1
6  40 0.6703 27.247  1
7  41 0.6566 25.735  1
8  42 0.6605 26.981  1
9  43 0.6567 27.016  1
10 44 0.6466 26.026  1
11 45 0.6531 27.667  1
12 46 0.6461 27.128  1
13 47 0.6336 25.751  1
14 48 0.6225 24.636  1
15 49 0.6214 24.992  1
16 50 0.6248 26.011  1

$`2`
    n    ttr      d id
17 35 0.6951 27.739  2
18 36 0.6925 28.072  2
19 37 0.6905 28.507  2
20 42 0.6605 26.981  2

下面的代码似乎没问题:

res <- bestFitD(dData2[[1]],fncTtr)

但是当我执行以下命令时:

res <- bestFitD(dData2[[2]],fncTtr)

我收到以下错误:

Error in model.frame.default(formula = ~dat + ttr + n, data = dat) : 
  invalid type (list) for variable 'dat'

为什么？两者都是数据框! 不过第二个组件好像有点奇怪!

Answer 1

只需删除 nls 函数调用中的 dat$ 即可。我相信它正在寻找 dat$dat$ttr 这显然会破坏。也就是说，您的 bestFitD 函数应该是:

bestFitD <- function(dat,fun) {
    res <- nls(ttr~fun(n,d),data=dat,start=list(d=25),trace=T)
    return(res)
}

现在，使用 lapply 进行调用:

resL <- lapply(dData2, bestFitD, fun = fncTtr)