我无法让 partykit 包的 mob 函数进行单变量 MLE 拟合。
# Trying to convert vignette example here https://cran.r-project.org/web/packages/partykit/vignettes/mob.pdf on page 7 to do univariate MLE gamma fits.
data("PimaIndiansDiabetes", package = "mlbench")
library("partykit")
library("fitdistrplus")
# Generating some fake data to replace the example data.
op <- options(digits = 3)
set.seed(123)
x <- rgamma(nrow(PimaIndiansDiabetes), shape = 5, rate = 0.1)
PimaIndiansDiabetes$diabetes<-x
PimaIndiansDiabetes$glucose<-x
#Hopefully this change to the formula means fit a gamma to just the diabetes vector of values!
pid_formula <- diabetes ~ 1 | pregnant + pressure + triceps + insulin + mass + pedigree + age
#Defining my own, negative of log likelihood since mob will minimize it.
estfun<-function(z) {-logLik(z)}
#replacing the call to glm that is successful in the vignette example.
class(fitdistr) <- append(class(fitdistr),estfun)
logit <- function(y, x, start = NULL, weights = NULL, offset = NULL, ...) {
fitdistr(y, "gamma")
}
#fail! The mob() function still does not see my artificially created estfun().
pid_tree <- mob(pid_formula, data = PimaIndiansDiabetes, fit = logit)
Error in UseMethod("estfun") : no applicable method for 'estfun' applied to an object of class "fitdistr" The above error message does not appear when glm is used instead of fitdistr
# estfun runs OK outside of call to mob!
estfun(logit(PimaIndiansDiabetes$diabetes,PimaIndiansDiabetes$glucose))
最佳答案
原则上,使用 mob()
来完成您想做的事情是可行的,但对 estfun()
方法应该做什么存在误解以及它是如何被调用的。
mob()
需要来自模型对象的以下信息来执行树的构造:
- 估计参数,通常由
coef(object)
提取。 - 优化的目标函数,通常由
logLik(object)
提取。 - 估计函数又称为分数,又称为梯度贡献,通常由
estfun(object)
提取。请参阅vignette("sandwich-OOP", package = "sandwich")
了解简介。
对于“fitdistr”类的对象
,前两者可用,但后者不可用:
methods(class = "fitdistr")
## [1] coef logLik print vcov
## see '?methods' for accessing help and source code
因此:
f <- fitdistr(x, "gamma")
coef(f)
## shape rate
## 5.022 0.103
logLik(f)
## 'log Lik.' -3404 (df=2)
sandwich::estfun(f)
## Error in UseMethod("estfun") :
## no applicable method for 'estfun' applied to an object of class "fitdistr"
您定义的 estfun()
函数由于以下两个原因不起作用:(1) 它不是一个可以被使用的方法 estfun.fitdistr()
由通过包的 NAMESPACE
使用的通用函数 sandwich::estfun()
调用。 (2) 它没有计算正确的数量:它是对数似然,但我们需要对数密度相对于两个参数的导数,并在每次观察时进行评估。后者将是一个 n x 2 矩阵。
我认为手动计算 Gamma 分布的得分函数应该不会太难。但这也应该已经在某些 R 包中可用,可能是 gamlss.dist 或其他包。
关于r - 无法让 partykit 包的 mob 函数进行单变量 MLE 拟合,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/35972200/