R使用combn和apply

Question

我有一个数据框，其中包含许多变量和观察值的百分比值，如下所示:

obs <- data.frame(Site = c("A", "B", "C"), X = c(11, 22, 33), Y = c(44, 55, 66), Z = c(77, 88, 99))

我需要将此数据准备为网络分析的边列表，其中“站点”作为节点，其余变量作为边。结果应该如下所示:

Node1    Node2    Weight  Type
A         B         33     X
A         C         44     X
...
B         C         187    Z       

因此，对于“权重”，我们正在计算所有可能对的总和，并且对每一列分别计算(最终以“类型”表示)。

我想这个问题的答案必须是在 combn 表达式上使用 apply ，就像这里 Applying combn() function to data frame ，但我还没能完全解决。

我可以通过手动组合“Site”来完成这一切

sites <- combn(obs$Site, 2)

然后各个列就像这样

combA <- combn(obs$A, 2, function(x) sum(x)

并将这些数据集绑定(bind)在一起，但这显然很快就会变得烦人。

我尝试像这样一次性完成所有变量列

b <- apply(newdf[, -1], 1, function(x){
sum(utils::combn(x, 2))
}
)

但这有问题。 请问有人可以帮忙吗？

Answer 1

一种选择是创建一个函数，然后将该函数映射到您拥有的所有列。

func1 <- function(var){
  obs %>% 
    transmute(Node1 = combn(Site, 2)[1, ],
           Node2 = combn(Site, 2)[2, ],
           Weight = combn(!!sym(var), 2, function(x) sum(x)),
           Type = var)
}

map(colnames(obs)[-1], func1) %>% bind_rows()