我的文件夹中有许多文件,名为:
ctg_1.fasta
lcd2_13.fasta
..
etc (all of them are .fasta)
我想更改每个的第一行以包含以下内容:>ctg_1
、>lcd2_13
。我的意思是,每个文件都有自己的名称作为第一行。
我认为命令 sed
会对我有所帮助。我尝试执行这个:
var=">ctg_1"
sed -i "1s/.*/$var/" ctg_1.fasta
它可以工作,但我想递归地执行它,并且每个文件都包含自己的名称。
您知道如何实现这一目标吗?
最佳答案
使用find
递归地获取所有文件。从带有文件名的变量中提取不带 .fasta
后缀的文件名,并在 sed
命令中使用它。
find . -type f -name '*.fasta' | while read -r f; do
base=$(basename "$f" .fasta)
sed -i "1s/.*/>$base/" "$f"
done
关于linux - 如何更改多个文件的第一行(包括文件名)?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/67477663/