r - 如何使循环函数将其结果输出为R中的数据帧

Question

我创建了一个函数clique_function，它根据条件从两个数据帧object_list和clique_list中选择变量，并从中返回一个新的数据帧clique_object。

输入:

clique_list 是一个派系列表(网络中三个节点的组)，其中每列代表一个由三个节点组成的派系。

clique_list <- structure(c("ND1", "IS1", "IS3", "IS1", "IS3", "IS2", "ND2", 
"ND1", "IS1"), .Dim = c(3L, 3L))

object_list 是一个矩阵，其中节点为行，不同对象类型的出现次数为列。

object_list <- structure(list(CA1 = c(0.159159159159159, 0.222222222222222, 
0.25, 0.115384615384615, 0.311111111111111, 0.1285140562249, 
0.214132762312634, 0.413461538461538, 0.183333333333333, 0.4, 
0.4375, 0.167778836987607, 0.25, 0.5, 0.166666666666667, 0.181818181818182, 
0.21580547112462, 0.0792452830188679, 0.424657534246575, 0, 0
), CA11 = c(0.00600600600600601, 0, 0, 0, 0, 0.00401606425702811, 
0.012847965738758, 0, 0.05, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.00911854103343465, 
0.0113207547169811, 0.0410958904109589, 0, 0), CA111 = c(0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0.00499643112062812, 0, 0.0333333333333333, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0.0060790273556231, 0.00754716981132075, 0.0273972602739726, 
0, 0), CA1111 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.000713775874375446, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), CA1113 = c(0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0.000713775874375446, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0), CA1115 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.000713775874375446, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), CA1116 = c(0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0.0166666666666667, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.00303951367781155, 
0.00377358490566038, 0, 0, 0), CA1117 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.0136986301369863, 0, 0), CA112 = c(0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0.00285510349750178, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0), CA1122 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.00142755174875089, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0)), class = "data.frame", row.names = c("ND5", 
"ND6", "ND8/ND10", "ND3", "ND7", "ND2", "ND1", "ND4", "KB3/KB4/KB5", 
"KB1", "KB2", "IS1", "KB9", "KB7/KB8", "KB6", "IS4", "IS3", "IS2", 
"KB12/KB14", "KB13", "IS5"))

函数clique_function应该循环object_list并选择变量type(列)，例如CA1 来自 clique_list 的三个节点。

 clique_function <- function(clique_list, type, object_list) 
  {
    for (i in 1:ncol(clique_list)) {
      clique_object <- subset(object_list, row.names(object_list) %in% clique_list[, i],
                              colnames(object_list) == type)
    }
    return(clique_object)
      }

预期输出 clique_object 是 object_list 的子集，显示 clique_list 中所有派系的选定对象类型 type 的出现情况.

例如:

clique_object <- structure(list(cliques = c("ND1", "IS1", "IS3", "ND2", "IS1", 
"IS3", "ND1", "IS4", "IS3", "ND1", "IS1", "IS3", "ND1", "IS1", 
"IS8", "ND3", "IS1", "IS3", "ND1", "IS1", "IS3"), CA1 = c(0.0007137759, 
0.0047664442, 0.009118541, 0.0007137759, 0.0047664442, 0.009118541, 
0.0007137759, 0.0047664442, 0.009118541, 0.0007137759, 0.0047664442, 
0.009118541, 0.0007137759, 0.0047664442, 0.009118541, 0.0007137759, 
0.0047664442, 0.009118541, 0.0007137759, 0.0047664442, 0.009118541
)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -21L))

如果我输入 print(clique_object) 而不是 return(clique_object)，则该函数可以正常工作。在第一种情况下，我从围绕数据框循环的函数中获取完整列表。但是使用 return(clique_object) 我只能得到 clique_list 中第一个 clique 的结果。

我希望该函数将完整结果输出为数据框。

谢谢。

Answer 1

如果你改变你的功能如下:

clique_function <- function(clique_list, type, object_list) 
{
  lapply(seq(1,ncol(clique_list)), function(i) {
    subset(object_list, row.names(object_list) %in% clique_list[, i],colnames(object_list) == type)
  })
}

然后它将返回一个数据帧列表，如下所示:

[[1]]
          CA1
ND1 0.2141328
IS1 0.1677788
IS3 0.2158055

[[2]]
           CA1
IS1 0.16777884
IS3 0.21580547
IS2 0.07924528

[[3]]
          CA1
ND2 0.1285141
ND1 0.2141328
IS1 0.1677788

然后您可以选择如何组合这些框架。例如，您可以像这样组合它们:

bind_rows(lapply(seq_along(res), function(x) tibble("clique"=x, "nodes"=rownames(res[[x]]), res[[x]])))
# A tibble: 9 x 3
  clique nodes    CA1
   <int> <chr>  <dbl>
1      1 ND1   0.214 
2      1 IS1   0.168 
3      1 IS3   0.216 
4      2 IS1   0.168 
5      2 IS3   0.216 
6      2 IS2   0.0792
7      3 ND2   0.129 
8      3 ND1   0.214 
9      3 IS1   0.168 

但我不知道你想要的输出结构是什么。在实际实践中，我会进一步调整clique_function以在一次调用中返回所需的最终结构。