python - RDKit 的函数 MolFromInchi 不起作用

Question

我目前正在开发一个 Django 项目，该项目需要获取 InChI 字符串并将其转换为分子的功能，但我使用的包似乎在其函数 MolFromInchi。每当我尝试使用此函数时，python 往往会生成此回溯:

例如

>>> from rdkit.Chem.inchi import MolFromInchi
>>> mol = MolFromInchi('InChI=1S/O2Si/c1-3-2')
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\Users\tcherry\repos\dataslate_django\venv\my-rdkit-env\lib\site-packages\rdkit\Chem\inchi.py", line 71, in MolFromInchi
    mol, retcode, message, log = rdinchi.InchiToMol(inchi, sanitize, removeHs)
TypeError: No to_python (by-value) converter found for C++ type: class boost::shared_ptr<class RDKit::ROMol>

这个错误似乎源自 rdkit 包的源代码，但我想知道是否有什么办法可以规避或缓解这个问题，同时仍然能够合并该功能MolFromInchi 到我的项目中。

注意:按照 RDKit Documentation 上发布的有关如何使用 Conda 安装 RDKit 的说明进行操作后，我能够重现此错误。 ，这个问题与最新版本的 RDKit (2020.03.1) 有关。

Answer 1

事实证明，我遇到这个问题的原因是，每当您对源代码进行更改(我这样做是为了解决我的项目的另一个问题)时，这些更改会影响 .conda 缓存文件夹，这意味着如果您要卸载并重新安装 conda 软件包，安装过程将引用缓存文件夹。