r - knitr，抑制来自素食 metaMDS 的 nms 压力

Question

我想编写一份包含 NMS 排序的报告。我想在报告中包含代码，但不包含运行压力。

我试过 message=FALSE, warning=FALSE, results='hide' 但它仍然包含在报告中。

bc.nms <- metaMDS(as.dist(bc), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F)

## Run 0 stress 0.2484634 
## Run 1 stress 0.2548965 
## Run 2 stress 0.2660619 
## Run 3 stress 0.2471903 
## ... New best solution
## ... Procrustes: rmse 0.07881697  max resid 0.198888 
## Run 4 stress 0.2515325 
## Run 5 stress 0.2456675 
## ... New best solution
## ... Procrustes: rmse 0.04504745  max resid 0.2189408 
## Run 6 stress 0.2563108  

我只想

bc.nms <- metaMDS(as.dist(bc), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F)

如果它有助于弄清楚如何抑制不需要的结果，这里是我的 knitr 选项和我的报告的屏幕截图

输出: html_文档: toc: true # 目录 true depth: 3 # 最多三个标题深度(由#、## 和### 指定) 自包含:是的

更新。抱歉，应该包括使用素食数据集。

install.packages("vegan")
library(vegan)
data(dune)
bc.nms <- metaMDS(dune, k=2, trymin=50, trymax=500)

vegan 中的解决方案比 capture.output(也有效)更直接

bc.nms <- metaMDS(dune, k=2, trymin=50, trymax=500, trace=FALSE)

Answer 1

基于 this answer ，你可以试试:

capture.output(bc.nms <- metaMDS(as.dist(mtcars), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F), file='NUL')

我收到警告，因为我只是在使用 mtcars 数据集，不确定你是否这样做，但你可以使用 options(warn=-1) 预先将它们抑制为好吧。