r - Try and catch hierarchy 在 R 中是如何工作的？

Question

我想知道 try 和 catch 层次结构在 R 中是如何工作的。

我认为如果我有一个包含 try 和 catch 的函数，如果出现错误，它就会被捕获并且代码可以继续运行。 如果您有第二个带有 try 和 catch 的函数，在某些时候需要第一个函数，我认为如果第一个函数发现错误，将返回错误值，因此第二个函数将考虑错误值工作，并且它将不要在 catch 语句中输入。

然而，这不是这样工作的，它还进入了第二个函数错误捕获语句。 我将尝试简化并举一个例子(尽管这些功能没有意义)

第一个函数 readUrl 提取 url 的 html 输出(如果它存在)，如果不存在则返回 NA。 第二个函数执行 readUrl 函数和求和，并返回列表中的两个元素。

library(dplyr)

#Function 1

readUrl <- function(url){
  out <- tryCatch({
    message(paste0("Trying to enter the url: ", url))
    url <- rvest::read_html(url)
  },
  error = function(cond){
    message(paste("URL does not seem to exist: ", url))
    message("It has entered in the first function catch")
    message(cond)
    # Return value in case of error
    return(NA)
  },
  warning = function(cond){
    message(paste("URL caused a warning:", url))
    message("Here's the original warning message:")
    message(cond)
    return(NULL)
  }
  )
  return (out)
}


#function 2

func2 <- function (variant.id){
  
  output <- tryCatch({
    url1 <- paste0("https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/", variant.id)
    url.extract <- readUrl(url1)
    sum <- 2+2
    list(url = url.extract, sum = sum)
  },
  error = function(cond){
    message("It has entered in the second function Catch ")
    # Return value in case of error
    return(cond)
  },
  warning = function(cond){
    return(NULL)
  }
  )
  return (output)
}


#We enter a valid id It works fine
func2("579822")

#We enter an invalid id , it enters both try and Catch instead of only the first one
func2("579822G")

我期望 func2("579822G") 输出是这样的列表:

$url
NA
$sum
[1] 4

我该如何处理这些？ 我知道这两个功能没有意义，但我确实需要按照这个逻辑做一些事情。 提前致谢。

Answer 1

readUrl 的错误处理程序中的

message(cond) 是导致不稳定行为的原因。如果您想在返回调用例程之前回显异常的详细信息，请将其替换为 print(cond)。此版本按照您期望的方式工作:

readUrl <- function(url){
  out <- tryCatch({
    message(paste0("Trying to enter the url: ", url))
    url <- rvest::read_html(url)
  },
  error = function(cond){
    message(paste("URL does not seem to exist: ", url))
    message("It has entered in the first function catch")
    print(cond)
    # Return value in case of error
    return(NA)
  },
  warning = function(cond){
    message(paste("URL caused a warning:", url))
    message("Here's the original warning message:")
    print(cond)
    return(NULL)
  }
  )
  return (out)
}


#function 2

func2 <- function (variant.id){
  
  output <- tryCatch({
    url1 <- paste0("https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/", variant.id)
    url.extract <- readUrl(url1)
    sum <- 2+2
    list(url = url.extract, sum = sum)
  },
  error = function(cond){
    message("It has entered in the second function Catch ")
    # Return value in case of error
    return(cond)
  },
  warning = function(cond){
    return(NULL)
  }
  )
  return (output)
}


#We enter a valid id It works fine
func2("579822")

#We enter an invalid id , it enters both try and Catch instead of only the first one
func2("579822G")