r - ggplot 和 plot 如何以不同方式处理 inf 值？

Question

我很难理解为什么 ggplot 和 plot 生成的同一数据略有不同。 ggplot 在顶部包含 inf 值，而 plot 不是。

with(geneFDR, plot(log2(FC), -log10(FDR), pch=20, main="FDR vs. Real FC",
col=geneFDR$FDRColor))

ggplot(data=geneFDR, aes(x=log2(FC), y=-log10(FDR), color=FDRFCthreshold)) +
  geom_point(alpha=0.4, size=1.75) +
  ggtitle("FDR vs. Real Fold Change") +
  xlab("log2 Real Fold Change") + ylab("-log10(FDR)")

inf 值的来源:

min(geneFDR$FDR)
[1] 0
max(geneFDR$FDR)
[1] 0.009883703

min(-log10(geneFDR$FDR))
[1] 2.00508
max(-log10(geneFDR$FDR))
[1] Inf

默认 plot 函数处理 inf 值的方式与 ggplot 有何不同？

Answer 1

尝试

scale_y_continuous(oob=scales::discard)