r - 计算 R 中像素(计数)栅格文件的数量

Question

我有大量的光栅文件和一个位于光栅文件范围内的多边形。我想获取多边形内每个光栅文件的像素数(计数)。 此外，我想为每个光栅文件创建一个表，其中包含光栅文件的名称和像素数(列出)。 我试过堆叠但我无法跟踪名称。在 R 中还有其他方法可以执行此任务吗？

Answer 1

请始终包含示例数据

library(raster)
fn <-system.file("external/rlogo.grd", package="raster")
s <- stack(fn)
s[[1]][1:5000] <- NA
s[[2]][5001:ncell(s)] <- NA
names(s)
#[1] "red"   "green" "blue" 
p <- rbind(c(5,20), c(25,55), c(50, 20), c(20,6), c(5,20))
pol <- spPolygons(p)

plot(s, addfun=function() lines(pol, lwd=2))

我不太确定你在找什么。如果您可以堆叠它们(您说可以)，则所有栅格的单元格(像素)数量都是相同的。我假设您想要不是 NA 的单元格的总和。如果您实际上有不同原点/分辨率的栅格，您可以重复这些步骤，但不需要将它们堆叠到 RasterStack 中，但您需要调整方法以同时计算 NA 细胞。

针对较小对象的简单方法:

m <- mask(s, pol)
cellStats(m, function(i, ...) sum(!is.na(i)))
# red green  blue 
# 600   506  1106 

如果内存不足，你可以这样做:

m <- mask(s, pol)
x <- reclassify(m, cbind(-Inf, Inf, 1))
names(x) <- names(m)
cellStats(x, 'sum')
#red green  blue 
#600   506  1106 

你也可以试试:

extract(s, pol, fun=function(x,...)length(na.omit(x)))
#     red green blue
#[1,] 600   506 1106

如果你想计算所有的单元格(无论 NA 与否)，你可以做类似的事情

# example RasterLayer
r <- s[[1]]
# this step may help in speed if your polygon is small relative to the raster
r <- crop(r, pol)

x <- rasterize(pol, r, 1)
cellStats(x, 'sum')
#[1] 1106