python - RStudio 发现 Python pyenv 安装，但我无法运行 Python 进程

Question

我正在尝试在 RStudio 中运行 Python。我已经通过 pyenv 安装了 Python 3.8.5，并在我的 RStudio 项目文件夹中使用 pyenv virtualenv(我称之为 venv-Rstudio)创建了一个虚拟环境。根据给出的说明here ，我想我已经正确地向 RStudio 表明要使用哪个 Python 环境:

>Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON="/Users/my_username/.pyenv/versions/venv-Rstudio/bin/python")
> py_discover_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      [NOT FOUND]
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  1 2020, 21:50:37)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.18.5

尝试调用 Python 时，出现以下错误:

> py_config()
Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded.
Use reticulate::install_miniconda() if you'd like to install a Miniconda Python environment.

我怀疑这与上面看到的 libpython: [NOT FOUND] 有关，但我已确保 libpython 安装在 venv-Rstudio 虚拟环境中:

(venv-Rstudio) my_username@MBP15 Rstudio % pip list
Package                Version
---------------------- ---------
...
Keras                  2.4.3
Keras-Preprocessing    1.1.2
libpython              0.2
Markdown               3.2.2
multidict              4.7.6
numpy                  1.18.5
...

有什么想法我可能会遗漏什么以及如何解决这个问题吗？我正在运行 macOS 10.15.7 Catalina、RStudio 1.3 和 R 版本 4.0.2。

Answer 1

发布我的问题后，this question出现在相关列表中，并且this answer @nucholab 解决了我的问题。简而言之，使用以下命令使用 pyenv 重新安装 Python 可启用可共享库:

env PYTHON_CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" pyenv install 3.8.5 

在那之后重新创建我的虚拟环境(为了记录，安装 numpy)，在 RStudio 中加载 Python 按预期工作:

> py_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/lib/libpython3.8.dylib
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/andreas/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  2 2020, 13:54:11)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.2
tensorflow:     [NOT FOUND]

NOTE: Python version was forced by RETICULATE_PYTHON