r - 如何为成对的 TukeyHSD 生成紧凑的字母显示

Question

我在为我的结果生成紧凑的字母显示时遇到问题。 我已经运行了一个方差分析，然后运行了 Tukey 的 HSD 来为每对生成 p 值，但我不知道如何(或者如果可能吗？)将字母分配给这些 p 值以显示哪些对彼此重要。

csa.anova<-aov(rate~temp*light,data=csa.per.chl) summary(csa.anova) TukeyHSD(csa.anova)

这运行了我需要的测试，但我不知道如何为每个 p 值分配字母以显示哪些对是重要的。

Answer 1

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mod <- lm(Sepal.Width ~ Species, data = iris)

mod_means_contr <- emmeans::emmeans(object = mod,
                                    pairwise ~ "Species",
                                    adjust = "tukey")

mod_means <- multcomp::cld(object = mod_means_contr$emmeans,
                           Letters = letters)

library(ggplot2)

ggplot(data = mod_means,
       aes(x = Species, y = emmean)) +
  geom_errorbar(aes(ymin = lower.CL, 
                    ymax = upper.CL), 
                width = 0.2) +
  geom_point() +
  geom_text(aes(label = gsub(" ", "", .group)),
            position = position_nudge(x = 0.2)) +
  labs(caption = "Means followed by a common letter are\nnot significantly different according to the Tukey-test")

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