我有一个包含多行的文件,如下所示
在文件 1 中:
a 8|2|3|4 4
b 2|3|5|6|7 5
c 8|5|6|7|9 5
a 到 a 有 4 个重叠,同样 a 到 b 有 2 个重叠,所以要检查各个实体之间的重叠,我需要生成一个包含上述细节的矩阵,输出应该是一个类似的矩阵
a b c
a 4 2 1
b 2 5 3
c 1 3 5
请给我一个建议,如何做到这一点?有没有办法使用 excel 或使用 shell 脚本或使用 R 来做到这一点?我编写了以下代码,但由于我不是一个好的编码器,我无法以正确的格式打印输出。
setwd('C:\\Users\\Desktop\\')
newmet1<-file("file.txt")
newmet2<-strsplit(readLines(newmet1),"\t")
Newmet<-sapply(newmet2, function(x) x[2:length(x)], simplify=F )
for (i in 1:length(Newmet))
{
for (j in 1:length(Newmet)
{
c <- ((intersect(Newmet[[i]], Newmet[[j]]))
print (length(c))
}
}
已编辑:感谢所有答案。在以下答案的帮助下,我使用 excel 和 R 得到了矩阵。
最佳答案
这是 R 中的一个函数,它将每列匹配的计数作为新矩阵返回
首先,我们将您的数据放入 R data.frame 对象中:
A <- c(8,2,3,4,NA)
B <- c(2,3,5,6,7)
C <- c(8,5,6,7,9)
dataset <- data.frame(A,B,C)
然后我们创建一个函数:
count_matches <- function (x) {
if (is.data.frame(x)) {
y <- NULL
for (i in 1:dim(x)[2]) {
for (j in 1:dim(x)[2]) {
count <- sum(x[[i]][!is.na(x[i])] %in% x[[j]][!is.na(x[j])])
y <- c(y, count)
}
}
y <- matrix(y, dim(x)[2], )
colnames(y) <- names(x)
rownames(y) <- names(x)
return(y)
} else {
print('Argument must be a data.frame')
}
}
我们在数据集上测试函数:
count_matches(dat)
它返回一个矩阵:
A B C
A 4 2 1
B 2 5 3
C 1 3 5
关于r - 比较多行并在 R 或 Excel 中创建矩阵,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/39403540/