我目前正在 GROMACS 4.6.5 中进行并行级联模拟,并且正在使用 bash 脚本输入命令:
#!/bin/bash
pdb2gmx -f step_04_01.pdb -o step_04_01.gro -water none -ff amber99sb -ignh
grompp -f minim.mdp -c step_04_01.gro -p topol.top -o em.tpr
mdrun -v -deffnm em
grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
mdrun -v -deffnm nvt
grompp -f md.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o step_04_01.tpr
mdrun -v -deffnm step_04_01
trjconv -s step_04_01.tpr -f step_04_01.xtc -pbc mol -o step_04_01_pbc.xtc
g_rms -s itasser_2znh.tpr -f step_04_01_pbc.xtc -o step_04_01_rmsd.xvg
trjconv
等命令和 g_rms
需要用户交互来选择选项。例如在运行 trjconv
时给你:Select group for output
Group 0 ( System) has 6241 elements
Group 1 ( Protein) has 6241 elements
Group 2 ( Protein-H) has 3126 elements
Group 3 ( C-alpha) has 394 elements
Group 4 ( Backbone) has 1182 elements
Group 5 ( MainChain) has 1577 elements
Group 6 ( MainChain+Cb) has 1949 elements
Group 7 ( MainChain+H) has 1956 elements
Group 8 ( SideChain) has 4285 elements
Group 9 ( SideChain-H) has 1549 elements
Select a group:
并且用户应该输入例如。
0
进入终端选择Group 0
.我试过使用 expect
和 send
,例如:trjconv -s step_04_01.tpr -f step_04_01.xtc -pbc mol -o step_04_01_pbc.xtc
expect "Select group: "
send "0"
但是,这不起作用。我也尝试过使用
-flag
喜欢 http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Using_Commands_in_Scripts#Within_Script但它说它不是一个公认的输入。是我的
expect
\send
格式正确?在 GROMACS 中还有其他方法吗?
最佳答案
我不知道 gromacs 但我认为他们只是要求您使用 bash 语法:
yourcomand ... <<EOF
1st answer to a question
2nd answer to a question
EOF
所以你可能有
trjconv -s step_04_01.tpr -f step_04_01.xtc -pbc mol -o step_04_01_pbc.xtc <<EOF
0
EOF
关于bash - 在 Bash 中模拟 Gromacs 中的用户交互,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/45885541/