r - 是否需要使用facet_grid/wrap来按除用于填充/颜色之外的变量对箱线图进行分组？

Question

我进行了两项实验，其中一些重复了前一组的条件。我有一个用于唯一批处理 ID 的列，以及另一个包含实验 1 中的 ID 的列，实验 2 中的批处理会复制该 ID。以下是一些像这样存储的示例数据:

test <- data.frame(var1=c(rep("A",4), rep("B",4), rep("C",4), rep("D",4)),
                   var2=rep(c(rep("A",4), rep("B",4)),2),
                   value=runif(16,1,5))

这是我的 ggplot 代码:

ggplot(test, aes(x=var1, y=value, fill=var2)) + geom_boxplot()

这为我提供了根据 var1 的因子顺序排列的批处理 ID。

我希望将 var2 中的 A 并排放置，并将 var2 中的 B 并排放置。使用 facet_grid 或 facet_wrap 是唯一的方法吗？

 ggplot(test, aes(x=var1, y=value, fill=var2)) + geom_boxplot() +
        facet_grid(. ~ var2, scales="free_x")

我尝试添加 group=var2 但这给了我重叠且非常宽的箱线图，我也不明白:

ggplot(test, aes(x=var1, y=value, group=var2, fill=var2)) + geom_boxplot()
Warning message:
position_dodge requires non-overlapping x intervals

我可以使用分面；我问这个问题主要是因为当我无法按照我的预期进行分组时，我感到很惊讶。我还查看了 geom_bar() 的示例以了解更多分组方法，但似乎大多数人都不会以这种方式进行分组。

请随意提供有关如何解决此问题的其他意见。我只是想比较成对的测试结果，以便轻松查看重复试验是否与原始试验相匹配。

Answer 1

使用交互并调整scale_x_discrete标签的作弊方法

 ggplot(test, aes(x=interaction(var1,var2), y=value, fill=var2)) + 
  geom_boxplot() +
  scale_x_discrete(name = 'var1',breaks = c('A.A','C.A','B.B','D.B'), 
                   labels = c('A','C','B','D')) 

编辑感谢@Andrie的评论

或者您可以创建一个适当排序的因子，或(无序)因子，其级别以正确的顺序指定。

• ggplot2 尊重因子水平的顺序(无论是否在有序因子中)。
• 默认情况下，R 会按字典顺序对级别进行排序，因此对于任何其他顺序，您需要指定它。

.

library(plyr) # for arrange 
var1_order <- unique(as.character(arrange(test,var2)[['var1']]))

test$var1_order <- ordered(test$var1, levels = var1_order)
## or
test$var1_order_2 <- factor(test$var1, levels = var1_order)
## so that 
ggplot(test, aes(x=var1_order_2, y=value, fill=var2)) + 
 geom_boxplot() + 
 xlab('var1')
## or 
ggplot(test, aes(x=var1_order, y=value, fill=var2)) + 
 geom_boxplot() + 
 xlab('var1')

两者都会给出相同的结果

编辑——另一种方法

您可以将 x 轴设置为 var2 并按 var1 填充，这将按 var2 排序，然后按 闪避并填充var1

  ggplot(test, aes(x=var2,y=value)) + 
   geom_boxplot(aes(fill = var1))