r - R中治疗组和地点的多样性指数

Question

我正在尝试使用素食主义者的 diversity() 函数计算 R 中的反辛普森多样性指数。我想为每个实验处理计算这个指数。

我的数据看起来有点像这样，其中 species 是物种 x 站点列联表，env 是处理因子 x 站点表:

spe <- read.table(header=TRUE, text="
  S1   S2   S3   S4
  0    1    2    1
  0    1    1    0
  1    0    0    3
  0    1    0    1
  1    2    1    0
")  

env <- read.table(header=TRUE, text="
  Stage
  a
  b
  c
  a
  c
")  

理想情况下，我会为每个 (a,b,c) 治疗因素获得一个单一的多样性指数值。

我知道 specnumber() 函数有一个组选项，但我没有看到任何类似的多样性，希望找到一种简单的方法来做同样的事情。我尝试过应用 summaryBy()、aggregate() 和 ddply()，但没有成功。

我还为每个 env$Stage 尝试了蛮力计算 diversity(subset(spe, env$Stage=="a"),"simpson") >但这仍然为我提供了该阶段每个站点的辛普森多样性指数，而不是整个阶段的指数。

谢谢。

Answer 1

diversity 中没有这样的groups 参数，因为它没有明确定义:你是指一个组中抽样单元的平均多样性，还是一组抽样单位的平均值？它们是不同的东西，最好明确地做你想让这个索引做的事情。

第一件事比较简单:只需计算 SU 的多样性并按组取平均值:

tapply(diversity(spe, "simpson"), env$Stage, mean)

对于普通社区的多样性，您首先需要按组聚合数据，然后计算每个组的多样性(对于大多数指数mean和sum 在通常的 diversity() 索引中给出相同的结果，但 sum 在 mean 不适用的某些情况下有效:

diversity(aggregate(. ~  env$Stage, spe, sum)[,-1], MARGIN=1, index="simpson")

aggregate 想要添加一个额外的列来命名行，我们必须用 [,-1] 删除它，并给出转置的结果，我们需要设置MARGIN = 1(或使用 t() 进行反向转置)。

如您所见，结果是不同的。有些人将这种差异称为 beta 多样性。