安装新版本的 R 后恢复所有 R 包？

Question

当你在做 R更新，重新安装和更新以前安装的所有软件包的最佳方法是什么 R版本当您的某些包裹在 CRAN 上时但其余的都在 github (或其他来源)？
过去，我关注了this方法:
打开旧版R (例如 R 3.6 )并复制所有已安装的软件包:

installed <- as.data.frame(installed.packages())
#save a copy
write.csv(installed, 'previously_installed.csv')

然后安装并打开R的新版本(例如 R 4.1 )，读入旧的包名并安装(默认: CRAN ):

previously_installed <- read.csv('previously_installed.csv')
package_list <- as.character(previously_installed$Package)
package_list

install.lib <- package_list[!package_list %in% installed.packages()]   
for(lib in install.lib) install.packages(lib, dependencies = TRUE)

这非常有效，但只会安装 CRAN 上的软件包所以所有仅在 github 上的包不会安装。有没有办法从 github 自动安装这些包?
你可以找出哪些包没有安装(例如剩余的 github 包):

git_packages_not_installed <- install.lib[!install.lib %in% installed.packages()] 

我认为您需要知道作者姓名才能安装所有 github包，所以我不确定如何自动执行此操作(例如 devtools::install_github("DeveloperName/PackageName") 。我知道您可以提供两个存储库选项，但我不确定这个 helps 或查看 here 。
在这种情况下，最佳实践是什么？
谢谢

Answer 1

如果您只使用 CRAN 包，我的建议将类似于@CaptainHat 的建议，但有一个额外的步骤:首先将所有旧包复制到新位置，然后调用 update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE) .这将更新为不兼容的早期 R 版本构建的那些。(只复制那些不存在的。如果你复制基础包，那会破坏 R。)
不幸的是，它不知道如何更新您从 Github 安装的软件包。我相信remotes::update_packages()应该能够处理这些，但我从未真正尝试过。