r - 列名中的破折号产生 "object not found"错误

Question

我有一个从数据生成散点图的函数，其中提供了一个参数来选择用于为点着色的列。这是一个简化版本:

library(ggplot2)

plot_gene <- function (df, gene) {
   ggplot(df, aes(x, y)) + 
     geom_point(aes_string(col = gene)) +
     scale_color_gradient()
}

哪里df是 数据框带列x , y ，然后是一堆基因名称。这适用于大多数基因名称；然而，有些有破折号并且这些失败:

print(plot_gene(df, "Gapdh")) # great!
print(plot_gene(df, "H2-Aa")) # Error: object "H2" not found

出现 gene变量正在解析( "H2-Aa" 变成 H2 - Aa )。我怎样才能解决这个问题？有没有办法表明一个字符串不应该通过 eval在 aes_string ?

可重复输入

如果你需要一些输入来玩，这会像我的数据一样失败:

df <- data.frame(c(1,2), c(2,1), c(1,2), c(2,1))
colnames(df) <- c("x", "y", "Gapdh", "H2-Aa")

对于我的真实数据，我使用 read.table(..., header=TRUE)并使用破折号获取列名，因为原始数据文件中有它们。

Answer 1

通常，R 会非常努力地确保 data.frame 中的列名可以是有效的变量名。在使用使用非标准求值类型语法的函数时，使用非标准的列名(那些不是有效的变量名)会导致问题。当专注于使用此类变量名称时，您通常必须将它们包装在反引号中。在正常情况下

ggplot(df, aes(x, y)) + 
  geom_point(aes(col = H2-Aa)) +
  scale_color_gradient()
# Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'H2' not found

会返回一个错误但是

ggplot(df, aes(x, y)) + 
  geom_point(aes(col = `H2-Aa`)) +
  scale_color_gradient()

会工作。

如果你真的想要，你可以粘贴反引号

geom_point(aes_string(col = paste0("`", gene, "`")))

或者你可以从一开始就把它当作一个符号并使用 aes_q插入

geom_point(aes_q(col = as.name(gene)))

最新发布ggplot支持通过 !! 转义而不是使用 aes_string或 aes_q所以你可以这样做

geom_point(aes(col = !!rlang::sym(gene)))