使用 R 从 API 检索图片

Question

我从未使用过 API，所以这是我的第一次尝试，我什至不知道我正在尝试做的事情是否可行。
我正在尝试从 SwissBioPics API ( https://www.npmjs.com/package/%40swissprot/swissbiopics%2Dvisualizer ) 获取细胞图片并将它们放入我的 R session 中。

res <-  httr::GET('https://www.swissbiopics.org/static/swissbiopics.js',
                     query = list(taxisid = '9606', sls= 'SL0073',gos = '0005641'))
result <- httr::content(res$content)

但我收到此错误:

Error in httr::content(res$content) : is.response(x) is not TRUE

有什么线索吗？

Answer 1

历经千辛万苦，我有了你的答案as promised !
由于它涉及交互式图像，由 JavaScript 和 HTML 提供，此解决方案必须作为 .Rmd 运行。 RStudio 中的文件。交互式图像也可以在同名的 .html 中访问。文件，由 knitr 输出当您单击 RStudio 中的编织按钮时。
第 1 步:项目设置
创建一个新的 R 项目 my_pics在 RStudio 中，在新目录下。在这个项目中，创建一个新的 R Notebook(这里是 my_book.Rmd)，它应该紧挨着 my_pics.Rproj 结束。在上述目录下。
第 2 步:支持文件
在同一个目录下，创建一个 ./snippets子目录。后者应该包含以下两个.txt从 swissbiopics-visualizer 复制(并更正)的文件documentation :

templates.txt :文档中给出的第一个代码块。转载此处有必要EOF和语法更正的评论:

<template id="sibSwissBioPicsStyle">
    <style>
        ul > li > a {
            font-style:oblique;
        }
        ul.notpresent li > .subcell_description {
            display:none;
        }
    </style>
</template>
<template id="sibSwissBioPicsSlLiItem">
    <li class="subcellular_location">
         <a class="subcell_name"></a> <!-- the class name is required and textContent will be set on it -->
         <span class="subcell_description"></span> <!-- the class name is required and textContent will be set on it -->
    </li>
</template>

custom_element.txt :文档中给出的第三个代码块。转载此处有必要EOF :

<script type="module" src="https://www.swissbiopics.org/static/swissbiopics.js"></script>
<script defer>
    if (! window.customElements.get("sib-swissbiopics-sl"))
        window.customElements.define("sib-swissbiopics-sl", SwissBioPicsSL);
</script>

请注意，这些 .txt文件可以像 .html 一样轻松保存文件。只有文件扩展名需要重构，默认值为 templates和 custom_element参数，用于 make_html() my_book.Rmd 中的函数下面的代码。
第 3 步:在 RStudio 中进行交互
现在我们准备好了!在 my_book.Rmd ，写出以下内容:

---
title: "R Notebook"
output: html_document
---


```{r}
library(htmltools)
library(readr)
library(rlang)
```



# Functions #

Here are the functions that do the trick.  The snippets used by `make_html()` are copied from the [documentation](https://www.npmjs.com/package/%40swissprot/swissbiopics-visualizer#usage) for `swissbiopics-visualizer`, and (after fixing the HTML comments) pasted into `.txt` files (`templates.txt` and `custom_element.txt`) under the `./snippets` subdirectory, which lies within the directory containing this `.Rproj`.

```{r}
# Create comma-separated list from vectorized (or listed) items, safely escaped.
csl <- function(items) {
  return(paste("\"", paste(htmltools::htmlEscape(unlist(items)), collapse = ",", sep = ""), "\"", sep = ""))
}



# Create the HTML for the interactive imagery given by the parameters. Assembly
# process is as described the documentation for 'swissbiopics-visualizer':
#   https://www.npmjs.com/package/%40swissprot/swissbiopics-visualizer#usage
make_html <- function(# The NCBI taxonomy ID.
                      tax_id,
                      
                      # The IDs of the cellular elements to highlight.
                      sl_ids,
                      
                      # The filepath to (or raw HTML text of) the templates
                      # snippet.
                      templates = "./snippets/templates.txt",
                      
                      # The filepath to (or raw HTML text of) the custom element
                      # snippet.
                      custom_element = "./snippets/custom_element.txt",
                      
                      # Further arguments to 'readr::read_file()', which might
                      # be useful to process snippet encodings across platforms.
                      ...) {
  # Escape any strings supplied.
  tax_id <- csl(tax_id[1])
  sl_ids <- csl(sl_ids)
  
  
  # Compile all the HTML snippets into a list:
  elements <- list()
  
  
  # Include the templates (as read)...
  elements$templates <- readr::read_file(file = templates, ...)
  
  
  # ...then include the line (created here) to target the right picture...
  elements$identifier <- "<sib-swissbiopics-sl taxid=%s sls=%s></sib-swissbiopics-sl>"
  elements$identifier <- sprintf(fmt = elements$identifier, tax_id, sl_ids)
  
  
  # ...and finally include the definition (as read) for the custom element.
  elements$custom_element <- readr::read_file(file = custom_element, ...)
  
  
  # Append these snippets together, into the full HTML code.
  return(paste(unlist(elements), collapse = "\n"))
}



# Display the interactive imagery given by the parameters, visible in both
# RStudio (crowded) and the R Markdown file (well laid out).
visualize <- function(# The NCBI taxonomy ID.
                      taxid = "9606",
                      
                      # A list (or vector) of the UniProtKB subcellular location
                      # (SL) IDs for the cellular elements to highlight.
                      sls = list("SL0073"),
                      
                      # Further arguments to 'make_html()'.
                      ...
                      ) {
  # Embed the HTML text where this function is called.
  return(htmltools::HTML(make_html(tax_id = taxid, sl_ids = sls, ...)))
}
```



# Results #

Here we `visualize()` the **interactive** image, also accessible on [SwissBioPics](https://www.swissbiopics.org):

```{r}
visualize(sls = list("SL0073", "SL0138"))
```

笔记
观察我们如何(在这种情况下)“懒惰地”为 "9606" 使用默认值( taxid ) ，而不必指定它。还观察我们如何才能同时高亮不是一个而是多个 单独的组件，即 Contractile vacuole ( "SL0073" ) 和 Cell cortex ( "SL0138" )。

现在在最后一个块下面 visualize()叫做

```{r}
visualize(sls = list("SL0073", "SL0138"))
```

您将看到如下所示的交互式输出:

可悲的是，它出现 非常拥挤 在 RStudio 中，可能需要一个 HTML 向导来更改支持 .txt (或 .html )文件，以在此 IDE 中实现格式正确的 HTML。
第 4 步:嵌入报告
与任何 .Rmd 一样文件，RStudio 为您提供了将 Markdown 结果编织成 .html 的选项文件，可以轻松访问和 格式精美作为 举报 !
与 my_book.Rmd在 RStudio 中打开，单击编织按钮，然后 my_book.html应该出现在同一个目录中。你可以打开这个.html文件在网络浏览器(我使用 Chrome)中查看它的所有荣耀!

综上所述
使用这两个交互式图像中的任何一个，您都可以 悬停以突出显示 图表的各种组件和层。此外，单击任何定义将通过超链接带您到其在 UnitProt 上的配置文件。 .
许多剩余的限制是由于 swissbiopics-visualizer API 本身。比如它的mapping好像有故障来自 GO IDs至 SL IDs , 通过 this dataset .因此，您应该只向 visualize() 提供 SL 代码 .
就是说，如果您可以解决该 HTML 并根据您的意愿调整其布局，那么天空就是极限!
享受!

奖金
这是相同的交互式输出的演示，嵌入在 Stack Overflow 中!不幸的是，它在这种环境中不稳定且非常笨拙，因此我仅将其作为“脚注”:

<template id="sibSwissBioPicsStyle">
    <style>
        ul > li > a {
            font-style:oblique;
        }
        ul.notpresent li > .subcell_description {
            display:none;
        }
    </style>
</template>
<template id="sibSwissBioPicsSlLiItem">
    <li class="subcellular_location">
         <a class="subcell_name"></a> <!-- the class name is required and textContent will be set on it -->
         <span class="subcell_description"></span> <!-- the class name is required and textContent will be set on it -->
    </li>
</template>


<sib-swissbiopics-sl taxid="9606" sls="SL0073,SL0138" ></sib-swissbiopics-sl>


<script type="module" src="https://www.swissbiopics.org/static/swissbiopics.js"></script>
<script defer>
    if (! window.customElements.get("sib-swissbiopics-sl"))
        window.customElements.define("sib-swissbiopics-sl", SwissBioPicsSL);
</script>