python - R: system() 不能使用 .bashrc 中定义的 bash 函数

Question

问题

我的默认 Python 是 2.7，但我有一个需要 Python 3.4 的脚本。我正在尝试在 R 中创建一个函数，它将:

切换到 Python 3.4

运行此脚本

切换回 Python 2.7

将结果导入 R

要在 Python 版本之间切换，我使用集群的“dotkit”系统，如下所示:

use Python-2.7
use Python-3.4

“use”是一个导入到我的 .bashrc 文件中的 bash 函数。它设置了我所有的路径变量(PATH、LIBRARY_PATH、LD_LIBRARY_PATH、CPATH、C_INCLUDE_PATH 等)。问题是，当我尝试在 R 中调用此函数时，出现以下错误:

system('use Python-3.4')
sh: use: command not found

这似乎是我的 PATH 的问题。我正在使用正确的 shell :

system('echo $SHELL')
/bin/bash

我的 $PATH 变量看起来也不错。但是，当我创建一个基本上执行相同操作的脚本时:

load_py34.sh:

#!/bin/bash
source ~/.bashrc
use Python-3.4

并通过 R 调用此脚本，然后它实际运行，但由于某种原因，它不会更改我在 R 中的 Python 版本。(我已验证此脚本可从命令行运行。)

> R
> system('python --version')
Python 2.7.1
> system('sh load_py34.sh')
Prepending: R-3.4 (ok)
> system('python --version')
Python 2.7.1

所以我有点困惑，但如果有人可以提供帮助，我将不胜感激。

建议修复

当我将它们组合成一个命令时，我仍然遇到同样的问题:

> system("sh load_py34.sh; python --version")
Prepending: Python-3.4 (already loaded)
Python 2.7.1

当我尝试直接调用 bash 时，我仍然遇到 PATH 问题:

> system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")
bash: use: command not found
Python 2.7.1

Answer 1

当您拨打 system()它使用 /bin/sh ，不是 /bin/bash . sh不读你的 .bashrc文件，所以它不知道你在那里定义的任何函数。

使用您的 .bashrc 中的功能，你必须得到bash改为运行它:

system("bash -c '使用 Python-3.4; python --version'")

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