r - 在 ggplot2 中绘制 nlme 对象

Question

我使用 nlme 包计算了线性混合模型。我正在评估心理治疗，并使用治疗条件和测量点作为预测因素。我使用 emmans 包进行了事后比较。到目前为止，一切顺利，我期待着完成我的论文。只剩下一个问题了。我真的很不擅长策划。我想绘制每组四个测量点的 emmean。 emmeans 中的 emmip 函数可以做到这一点，但我对结果不太满意。我使用以下代码生成结果:

emmip(HLM_IPANAT_pos, Gruppe~TP, CIs=TRUE) + theme_bw() + labs(x = "Zeit", y = "IPANAT-PA")

我不喜欢置信区间的呈现方式。我更喜欢带有“正常”置信条的线形条，如下所示，取自 Ireland 等人。 (2017)。我尝试在 Excel 中执行此操作，但没有找到如何集成每条线的单独置信区间。所以我想知道是否有可能使用 ggplot2 来做到这一点。但是，我不知道如何在 ggplot 中整合使用 emmeans 获得的值。正如我所说，我真的对情节一窍不通。有人知道该怎么做吗？

Answer 1

我认为这是可能的。您可以使用 emmeans 来获取 ggplot2 的值，而不是使用 emmip 创建绘图。使用 ggplot2 和数据，您也许能够更好地控制绘图的格式。由于我没有您的数据，我只能建议几个步骤。
首先，拟合模型 HLM_IPANAT_pos 后，使用 emmeans 获取值。其次，broom::tidy 这个对象。第三，ggplot上面的broom::tidy对象。

以mtcars数据为例:

library(emmeans)
# mtcars data
mtcars$cyl = as.factor(mtcars$cyl)
# Model
mymodel <- lm(mpg ~ cyl * am, data = mtcars)

# using ggplot2 
library(tidyverse)
broom::tidy(emmeans(mymodel,  ~ am | cyl)) %>% 
  mutate(cyl_x = as.numeric(as.character(cyl)) + 0.1*am) %>% 
  ggplot(aes(x = cyl_x, y = estimate, color = as.factor(am))) + 
  geom_point() + 
  geom_line() +
  geom_errorbar(aes(ymin = conf.low, ymax = conf.high), width = 0.1)

^{由reprex package于2019年12月29日创建(v0.3.0)}