python - 突出显示 NetworkX 中的某些节点/边 - 使用 zip() 的问题

Question

我能够使用networkx填充网络图。我的问题是，当我想突出显示图形无法生成的路径(例如最短路径)时，它将返回下面的错误。

nx.draw_networkx_edges(Gr,pos,edgelist=path_edges,edge_color='r',width=10)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 578, in draw_networkx_edges
    if not edgelist or len(edgelist) == 0:  # no edges!
TypeError: object of type 'zip' has no len()

我寻找解决方案，这是因为脚本在 python3 上运行，因此我收到此错误。解决方案之一是更改并添加列表，如下所示。

原文:

Gr = nx.DiGraph() 
edges = graph
Gr.add_edges_from(edges)
pos = nx.spring_layout(Gr)

path = nx.shortest_path(Gr,source=1,target=7)
path_edges = zip(path,path[1:])
nx.draw_networkx_nodes(Gr,pos,nodelist=path,node_color='r')
nx.draw_networkx_edges(Gr,pos,edgelist=path_edges,edge_color='r',width=10)
plt.axis('equal')
plt.show()

修改:

path = nx.shortest_path(Gr,source=1,target=7)
path_edges = list(zip(path,path[1:]))
nx.draw_networkx_nodes(Gr,pos,nodelist=path,node_color='r')
nx.draw_networkx_edges(Gr,pos,edgelist=path_edges,edge_color='r',width=10)
plt.axis('equal')
plt.show()

能够运行脚本，没有错误，并且能够生成图形，但突出显示的路径(红色)未与拓扑节点和链接对齐。红色路径应位于顶部并与节点/路径 1-2-3-4-5-6-7 对齐。请引用下面的图片

请告知如何解决此问题。

Answer 1

我能够使用以下代码生成您想要的图表 - 如果您遇到任何问题，请告诉我。您需要将 zip 对象转换为 list 是正确的，但我认为您的绘图代码中可能还有其他错误。如果您需要 nx.spring_layout 的输出每次都相同，则可以使用 seed 关键字参数，例如 pos = nx.spring_layout(Gr ，种子=123)。

代码:

import networkx as nx

# Set up graph
Gr = nx.DiGraph() 
edges = [(i+1, i+2) for i in range(10)] + [(i+2, i+1) for i in range(10)]
Gr.add_edges_from(edges)

# Get position using spring layout
pos = nx.spring_layout(Gr)

# Get shortest path
path = nx.shortest_path(Gr,source=1,target=7)
path_edges = list(zip(path,path[1:]))

# Draw nodes and edges not included in path
nx.draw_networkx_nodes(Gr, pos, nodelist=set(Gr.nodes)-set(path))
nx.draw_networkx_edges(Gr, pos, edgelist=set(Gr.edges)-set(path_edges), connectionstyle='arc3, rad = 0.3')

# Draw nodes and edges included in path
nx.draw_networkx_nodes(Gr, pos, nodelist=path, node_color='r')
nx.draw_networkx_edges(Gr,pos,edgelist=path_edges,edge_color='r', connectionstyle='arc3, rad = 0.3')

# Draw labels
nx.draw_networkx_labels(Gr,pos)

输出: