python - 如何使用 Python 中的 rdkit 确定任何分子的石蜡基 CH3、CH2 和 CH 基团的数量？

Question

我正在尝试使用 Python 中的 rdkit 包确定任何分子中石蜡基团的数量。最初，我开始确定石蜡基 CH3 基团，我必须将其扩展到石蜡基 CH2 和石蜡基 CH 基团。

在MWE中，我试图通过匹配的子结构来确定这一点，但它无法按预期工作。我也尝试为此搜索 Fragments 函数，但它不可用。

如何在 Python 中使用 rdkit 确定任何分子的石蜡基 CH3、CH2 和 CH 基团的数量？

MWE

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors, Draw, Fragments

smiles_n_decane = 'CCCCCCCCCC'
smiles_branched = 'CCC(C)(C)C(C)CC(C)(C)C'
smiles_carboxylic_acid = 'C1=CC=C2C(=C1)C(C3=CC=CC=C3O2)C(=O)O' # Xanthene-9-carboxylic acid

m =  Chem.MolFromSmiles(smiles_branched)

print m.HasSubstructMatch(Chem.MolFromSmiles('[CH3]'))
print Fragments.fr_Al_COO(m)

问题示例

对于下面给出的分子(2,2,4,5,5-五甲基庚烷):

代码应该给我以下输出:

• 不。 CH3 组数:7
• 不。 CH2 组数:2
• 不。 CH 组数:1

Answer 1

您应该使用SMARTS用于子结构查询。此外，如果查询匹配，GetSubstructMatches() 将返回所有子结构匹配，而不仅仅是返回 bool 值，如 HasSubstructMatch():

ch3 = Chem.MolFromSmarts('[CH3]')
ch2 = Chem.MolFromSmarts('[CH2]')
ch1 = Chem.MolFromSmarts('[CH]')

print("no. of CH3 groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch3)))
print("no. of CH2 groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch2)))
print("no. of CH groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch1)))

[Out]:
no. of CH3 groups: 7
no. of CH2 groups: 2
no. of CH groups: 1