我正在开发模拟生物学模拟核心库 ( SBSCL )，我们目前正在其中模拟 SBML Test Suite 中的 SBML 模型。但我在模拟 SBML 模型时遇到问题，其中存在耦合的隔室和物种速率规则，并且物种采用浓度单位(即物种取决于隔室的值)。具有此属性的模型可以在 SBML 测试套件中找到，其中之一是测试用例 1198 .
关于这个问题的一系列讨论也可以在sbml-discuss google group [Link]找到。甚至我也创建了一个 issue为此，请在 SBSCL 中进行。
我可以获得模拟此类 SBML 模型的最佳方法吗？
最佳答案
如果您可以将物质浓度视为参数，那么这是最简单的解决方案:只需直接设置变化率即可。如果要求计算物种的数量，请将浓度乘以隔室大小。
但是，如果您的模拟器与大多数 SBML 模拟器一样，则您的基本变化单位是物种数量。这使得这种情况特别尴尬，因为物种数量的变化率必须从物种浓度的变化率以及隔室大小的变化率得出。
但是，这仍然是可行的。如果我们使用“S1”作为物质数量，“[S1]”作为物质浓度，“C”作为隔室大小:
同样，这适用于定义了 dC/dt 和 d[S1]/dt 并且 dS1/dt 未知的情况。
这可以按如下方式推导:
(通过链式法则)
关于simulator - 使用耦合隔室和物种速率规则模拟 SBML 模型，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/62703123/