r - 在 R 中，我可以过滤至少有 1 个值满足阈值的所有列吗

Question

您好，这是我的第一篇文章(不确定我是要在此处发布还是在 github 上发布)。我对这一切都很陌生。

我想保留至少一个值高于我设置的截止值(本例中为 2)的行。我在我的例子中已经实现了这一点(分子 d 被删除)，但我想有更好的方法，特别是如果我有很多样本。 有没有办法选择除第一列之外的所有列并应用于表格的其余部分？

我正在尝试通过删除所有样本中含量较低的内容来清理数据。 我认为通过删除所有值都低于 2 的行可以获得相同的结果？

> marker = c('a','b','c','d','e')
> sample1 = c(100,55,43,1.5,89)
> sample2 = c(98,45,22,1,0.5)
> sample3 = c(89,45,65,0.5,67)
> data = data.frame( 'Molecule' = marker, 'sam1' = sample1, 'sam2'= sample2, 'sam3' = sample3)
> data
  Molecule  sam1 sam2 sam3
1        a 100.0 98.0 89.0
2        b  55.0 45.0 45.0
3        c  43.0 22.0 65.0
4        d   1.5  1.0  0.5
5        e  89.0  0.5 67.0

> limit = 2
> data %>% filter(.[2] >limit | .[3] > limit | .[4] > limit)
  Molecule sam1 sam2 sam3
1        a  100 98.0   89
2        b   55 45.0   45
3        c   43 22.0   65
4        e   89  0.5   67

谢谢

Answer 1

使用filter_at，可以做到这一点。在新版本的dplyr中，有across，但它会查找all而不是any(|)。指定感兴趣的列，如果列名模式都是 starts_with 'sam'，则循环遍历这些列，将逻辑表达式包装在 any_vars

中

library(dplyr)
data %>% 
  filter_at(vars(starts_with('sam')),  any_vars(. > limit))

-输出

#    Molecule sam1 sam2 sam3
#1        a  100 98.0   89
#2        b   55 45.0   45
#3        c   43 22.0   65
#4        e   89  0.5   67

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或者使用base R中的rowSums创建一个逻辑向量

data[rowSums(data[startsWith(names(data), 'sam')] > limit) > 0,]