r - 如何在 R 中创建精确匹配的二进制矩阵

Question

抱歉，如果这是一个愚蠢的问题，我觉得如果我知道如何正确表达它，我就可以很快得到答案!

简而言之:我有大量来自多个不同来源的样本。样本的具体来源并不重要，重要的是知道哪些样本来自同一来源。

所以，我现在拥有的是:

  Sample source
  S1      A
  S2      B
  S3      B
  S4      A
  S5      A

我需要的是..

  S1 S2 S3 S4 S5
S1 1  0  0  1  1
S2 0  1  1  0  0
S3 0  1  1  0  0
S4 1  0  0  1  1
S5 1  0  0  1  1

任何帮助将不胜感激...

Answer 1

您可以尝试 tcrossprod + xtabs (或 table)，如下所示

> tcrossprod(xtabs(~., df))
      Sample
Sample S1 S2 S3 S4 S5
    S1  1  0  0  1  1
    S2  0  1  1  0  0
    S3  0  1  1  0  0
    S4  1  0  0  1  1
    S5  1  0  0  1  1

或者(感谢@user12728748的评论)

> tcrossprod(table(df))
      Sample
Sample S1 S2 S3 S4 S5
    S1  1  0  0  1  1
    S2  0  1  1  0  0
    S3  0  1  1  0  0
    S4  1  0  0  1  1
    S5  1  0  0  1  1

数据

df <- data.frame(Sample = c("S1", "S2", "S3", "S4", "S5"), source = c("A", "B", "B", "A", "A"))