Matlab:具有统一绘图列高度的 seqlogo

Question

在 Matlab 中，我想做一个 seqlogo plot氨基酸序列谱。但是，我希望所有的列都具有相同的高度，而不是通过熵来缩放绘图列的高度。

我正在修改 this question 的答案中的代码，但我想知道是否有 seqlogo 的参数或我错过的其他一些函数可以使列高统一。

或者，是否有统计转换可以应用于序列配置文件以破解所需的输出？ (列高一致，每个字母的高度成线性比例
它在 seqprofile 中的概率)

Answer 1

解决这个问题的最简单方法可能是直接修改 Bioinformatics Toolbox function SEQLOGO 的代码。 (如果可能的话)。在 R2010b 中，您可以执行以下操作:

edit seqlogo

该函数的代码将显示在编辑器中。接下来，找到以下几行(第 267-284 行)并将它们注释掉或完全删除它们:

S_before = log2(nSymbols);
freqM(freqM == 0) = 1; % log2(1) = 0

% The uncertainty after the input at each position
S_after = -sum(log2(freqM).*freqM, 1);

if corrError
    % The number of sequences correction factor
    e_corr = (nSymbols -1)/(2* log(2) * numSeq);
    R = S_before - (S_after + e_corr);
else
    R = S_before - S_after;
end

nPos = (endPos - startPos) + 1;
for i =1:nPos
    wtM(:, i) = wtM(:, i) * R(i);
end

然后将此行放在他们的位置:

wtM = bsxfun(@times,wtM,log2(nSymbols)./sum(wtM));

您可能希望以新名称保存文件，例如 seqlogo_norm.m ，因此您仍然可以使用未经修改的原始 SEQLOGO功能。现在您可以创建所有列归一化为相同高度的序列剖面图。例如:

S = {'LSGGQRQRVAIARALAL',...      %# Sample amino acid sequence
     'LSGGEKQRVAIARALMN',...
     'LSGGQIQRVLLARALAA',...
     'LSGGERRRLEIACVLAL',...
     'FSGGEKKKNELWQMLAL',...
     'LSGGERRRLEIACVLAL'};
seqlogo_norm(S,'alphabet','aa');  %# Use the modified SEQLOGO function

旧答案:

我不确定如何转换序列配置文件信息以从 Bioinformatics Toolbox function SEQLOGO 获得所需的输出，但我可以向您展示如何修改替代方案 seqlogo_new.m我为 my answer to the related question 写的你链接到。如果您更改初始化 bitValues 的行由此:

bitValues = W{2};

对此:

bitValues = bsxfun(@rdivide,W{2},sum(W{2}));

然后你应该将每一列缩放到 1 的高度。例如:

S = {'ATTATAGCAAACTA',...  %# Sample sequence
     'AACATGCCAAAGTA',...
     'ATCATGCAAAAGGA'};
seqlogo_new(S);            %# After applying the above modification