r - 在 R Shiny App 中呈现 R Markdown 文档时引用书目不起作用

Question

问题

我正在尝试在 Shiny App 中呈现 R Markdown 文档，我已经使用 David 在这篇文章 (RMarkdown in Shiny Application) 中非常有用的解决方案成功实现了这一点。但是，我无法使用 .bib 文件中的引用来呈现文档，该文件与 Shiny 应用程序和 R Markdown 文档位于同一目录中。请在下面找到一个最小的可重现示例。

R Markdown 文档

RMarkdownFile.rmd

---
title: "RMarkdownFile"
author: "Test Author"
date: "15/10/2020"
output: html_document
bibliography: bibliography.bib
link-citations: yes
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Statement

ggplot2 [@wickham2016ggplot2] is a great package!

## References

引用书目

引用书目.bib

@book{wickham2016ggplot2,
  title={ggplot2: elegant graphics for data analysis},
  author={Wickham, Hadley},
  year={2016},
  publisher={springer}
}

Shiny 应用

应用.R

library(shiny)
library(knitr)

rmdfiles <- c("RMarkdownFile.rmd")
sapply(rmdfiles, knit, quiet = T)

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        withMathJax(includeMarkdown("RMarkdownFile.md"))
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)

结果

在应用程序外部编织 RMarkdownFile.rmd 效果很好，产生以下输出

RMarkdownFile
Test Author
15/10/2020
Statement
ggplot2 (Wickham 2016) is a great package!

References
Wickham, Hadley. 2016. Ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. springer.

然而，如上所述在 Shiny 应用程序中呈现 RMarkdownFile.md 无法从 bibliography.bib 文件生成文档中的引文和引用文献，如下所示

Statement
ggplot2 [@wickham2016ggplot2] is a great package!

References

更新 - 解决方案

尝试了几种不同的方法后，最简单的方法终于奏效了。下面是更新后的 Shiny App，其中包含从 R markdown 文档呈现的 html 文档，以及引用。

应用.R

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        includeHTML("RMarkdownFile.html")
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)

其他问题

但是.....虽然这适用于从 R markdown 生成的基本 HTML 文档，但当在 RMarkdown 文档的 YAML block 中包含“self_contained: false”时，如下所示

---
title: "RMarkdownFile"
author: "Test Author"
date: "15/10/2020"
output: 
    html_document:
        self_contained: false
bibliography: bibliography.bib
link-citations: yes
---

导致放置在辅助文件夹中的项目，在这种情况下，该文件夹的标题为“RMarkdownFile_files”，Shiny 应用程序无法找到。通过 Rstudio devtools 检查 Shiny 中缺失的元素会发现以下错误:

加载资源失败:服务器响应状态为 404(未找到)

相反，当在 YAML block 中包含“self_contained: true”时，元素不再丢失，但我无法访问使用 shinydashboard 的非 reprex Shiny 应用程序中的多个选项卡。

编辑:我现在已经在另一篇文章中记录了这个问题 Including a HTML file rendered from RMarkdown in R Shiny apps using shinydashboard is causing tabItems to break

正确的方法

编辑:这些问题现在已经使用下面的代码解决了，请注意 RMarkdownFile.html 文件必须放在 Shiny 应用程序目录的“www”文件夹中，除非直接在那里呈现。

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        htmltools::tags$iframe(src = "RMarkdownFile.html", width = '100%',  height = 1000,  style = "border:none;"))
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)

Answer 1

如我上面更新的帖子中所述，要在 Shiny 应用程序中包含 HTML 文档，请使用以下代码(事后看来很明显!):

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        includeHTML("RMarkdownFile.html")
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)

这适用于非常基本的 shiny 应用程序，但是使用 shinydashboard 会产生其他问题，此处详述，Including a HTML file rendered from RMarkdown in R Shiny apps using shinydashboard is causing tabItems to break

编辑:这些问题现在已经使用下面的代码解决了，请注意 RMarkdownFile.html 文件必须放在 Shiny 应用程序目录的“www”文件夹中，除非直接在那里呈现。

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        htmltools::tags$iframe(src = "RMarkdownFile.html", width = '100%',  height = 1000,  style = "border:none;"))
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)