r - projectRaster 消耗太多内存

Question

我正在用 R 做一些空间方面的事情，突然间我的一些代码将无法在我使用多年的计算机上运行，​​特别是因为它“内存不足”。

## Raster going in
xx <- raster(fatNames[[i]])
xx
class       : RasterLayer 
dimensions  : 5160, 14436, 74489760  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -172.3, -52, 23.5, 66.5  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : D:\Dropbox\wintor_aux\Results\myluFatReq_100_2_fat.inf.tif 
names       : myluFatReq_100_2_fat.inf 
values      : 0.1831425, 3.449095  (min, max)

## transform
x.rast <- projectRaster(xx,crs = CRS("+init=epsg:2955"))

错误:4.2Gb 的向量不足。

现在我知道这是一个大小合适的栅格(输入栅格大小:75.5 MB)但是机器有 32Gb 的 RAM，没有其他程序在运行，我仍然占用内存。这些年来，我已经做过数百次这样的事情，据我所知，自从大约一个月前我最后一次这样做以来，机器上的任何东西都没有改变。

我已经尝试重新启动 session ，重新启动计算机并在 google 上搜索了一下，但我仍然没有找到任何问题。当我在 RAM 为 1/2 的机器上尝试相同的代码块时，我可以毫无问题地运行它(使用 ~ 8Gb ram max)。有人对我如何解决这个问题有什么建议吗？

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_New Zealand.1252  LC_CTYPE=English_New Zealand.1252   
[3] LC_MONETARY=English_New Zealand.1252 LC_NUMERIC=C                        
[5] LC_TIME=English_New Zealand.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] raster_2.6-7         rgdal_1.3-3          sp_1.3-1             sf_0.6-3            
[5] RevoUtils_11.0.1     RevoUtilsMath_11.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.18    lattice_0.20-35 class_7.3-14    grid_3.5.1      spData_0.2.9.0 
 [6] DBI_1.0.0       magrittr_1.5    e1071_1.7-0     units_0.6-0     tools_3.5.1    
[11] yaml_2.2.0      compiler_3.5.1  classInt_0.2-3 

Answer 1

您应该首先将栅格包更新到其当前 (CRAN) 版本。这可能会解决这个问题。如果不是，这可能是一个极端情况，您应该能够通过将内存参数设置为较低的值来解决这个问题。在当前版本中，您可以执行 rasterOptions(memfrac=.3)。在当前和旧版本中，您可以尝试 rasterOptions(maxmemory=1e+08)

顺便说一句，考虑到输入数据的经度跨度为 (172.3 - 52) = 120 度 --- UTM 对大约 6 度的跨度有效。