我正在处理一些 RNA-seq 计数数据,我有大约 60,000 列包含基因名称和 24 行包含样本名称。当我进行一些基因名称转换时,我留下了一堆名为 NA
的列。 .我知道 R 处理 NA
与典型的列名不同,我的问题是如何删除这些列。这是我的数据的一个例子。
"Gene1" "Gene2" "Gene3" NA "Gene4"
1 10 11 12 10 15
2 13 12 50 40 30
3 34 23 23 21 22
我希望它最终像
"Gene1" "Gene2" "Gene3" "Gene4"
1 10 11 12 15
2 13 12 50 30
3 34 23 23 22
我确实确定了一些对其他人有效但对我无效的 R 代码
df<-df[, grep("^(NA)", names(df), value = TRUE, invert = TRUE)]
最佳答案
看起来你有一个真实的 NA
在你的名字中,而不是 "NA"
.前者代表一个缺失值,后者是一个字符串,看起来像代表缺失值的符号。用:
df <- df[!is.na(names(df))]
插图
iris
:> head(iris)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
> names(iris)[2:3] <- NA
> head(iris)
Sepal.Length NA NA Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
> head(iris[!is.na(names(iris))])
Sepal.Length Petal.Width Species
1 5.1 0.2 setosa
2 4.9 0.2 setosa
3 4.7 0.2 setosa
4 4.6 0.2 setosa
5 5.0 0.2 setosa
6 5.4 0.4 setosa
关于删除名为 "NA"的列,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/30743304/