r - 如何应用 wilcox.test 比较表格的每一列

Question

我在 r 中有一个名为 tbl 的数据表。 我想执行 wilcox 检验以将表中的每一列与其他每一列进行比较，并将 p 值存储在新表或矩阵中。

要比较一对列(在本​​例中为 1 和 2)，我通常会这样做:

wilcox.test(tbl[,1],tbl[,2],alternative="t",paired=FALSE)

非常感谢任何帮助。

Answer 1

一种方法是存储您的tbl 的2 种组合，然后使用lapply 计算p.values。像这样:

#example data.frame
df <- data.frame(a = runif(10), b= runif(10), c=runif(10))

#calculate combinations of names
combinations <- as.data.frame(combn(names(df), 2), stringsAsFactors=FALSE)

#use the above combinations and calculate the wilcox.test to get the p.values
lapply(combinations, function(x) {
  wilcox.test(df[,x[1]] , df[, x[2]], alternative="t", paired=FALSE)$p.value
})

输出:

$V1
[1] 0.8534283

$V2
[1] 0.2175626

$V3
[1] 0.3526814