我有一个如下所示的 data.frame(有 1135 行):
var1 var2 corr
590 OTU3902 K00021 0.832
624 OTU2457 K00076 0.847
770 OTU0939 K00184 0.842
774 OTU0939 K00185 0.818
792 OTU3902 K00209 0.828
1053 OTU2859 K00299 0.803
1127 OTU0001 K00320 0.845
1128 OTU0041 K00320 0.819
1129 OTU1364 K00320 0.850
1130 OTU1891 K00320 0.803
1131 OTU2859 K00320 0.841
1137 OTU2457 K00329 0.845
1409 OTU0939 K00349 0.806
1465 OTU1531 K00366 0.840
1470 OTU1531 K00367 0.847
1474 OTU0001 K00368 0.840
1475 OTU0095 K00368 0.829
1544 OTU3041 K00395 0.820
1729 OTU0939 K00496 0.830
1750 OTU0735 K00508 0.835
我用 :
g <- graph.data.frame(data, directed=FALSE)
plot(g)
网络创建得很好。但是,它会创建一些集群,我想单独提取每个集群。 igraph 是否可以选择获取不同的数据帧(或另一种向量):一个数据帧将对应一个集群?
这是我的网络。我猜这是一团糟,但你可以看到有一些子网络。所以,如果可能的话,我想隔离这些子网络,并在 list/data.frame 中获取每个子网络的组件。
最佳答案
您似乎希望找到图形的孤立组件。这可以通过 components
来完成如
components(g)
# $membership
# OTU3902 OTU2457 OTU0939 OTU2859 OTU0001 OTU0041 OTU1364 OTU1891 OTU1531 OTU0095 OTU3041 OTU0735
# 1 2 3 4 4 4 4 4 5 4 6 7
# K00021 K00076 K00184 K00185 K00209 K00299 K00320 K00329 K00349 K00366 K00367 K00368
# 1 2 3 3 1 4 4 2 3 5 5 4
# K00395 K00496 K00508
# 6 3 7
#
# $csize
# [1] 3 3 5 9 3 2 2
#
# $no
# [1] 7
显示哪个顶点属于哪个组件、这些组件的大小以及组件的数量。
现在只是按组件获取顶点列表,我们可以这样做
split(V(g), components(g)$membership)
# $`1`
# + 3/27 vertices, named, from 7eee8fa:
# [1] OTU3902 K00021 K00209
#
# $`2`
# + 3/27 vertices, named, from 7eee8fa:
# [1] OTU2457 K00076 K00329
# ...
甚至更干净,
split(names(V(g)), components(g)$membership)
# $`1`
# [1] "OTU3902" "K00021" "K00209"
#
# $`2`
# [1] "OTU2457" "K00076" "K00329"
#
# $`3`
# [1] "OTU0939" "K00184" "K00185" "K00349" "K00496"
# ...
关于r - 如何从 igraph 网络中提取集群?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/56332850/