我正在创建一个邻接矩阵来在 R 中进行空间分析。数据是美国大陆的所有县。我从美国人口普查老虎文件中获得了县空间多边形。
我能够创建邻居列表,并且它是对称的。但是当我将其转换为邻接矩阵时,它不是对称的。这是一个问题,因为我的目标是使用 ngspatial::autologistic
运行空间自逻辑模型。 ,我得到一个错误,我必须提供一个对称的二进制邻接矩阵。
这是我创建邻接矩阵的 R 代码:
us<-readShapeSpatial("County_2010Census_DP1.shp")
#Trim out counties outside of continental US
us2<-us[!substr(us$GEOID10,1,2)%in%c('02','60','66','78','15','72'),]
us2.nb = poly2nb(us2)
is.symmetric.nb(us2.nb) #Comes out true
us2.adj = nb2mat(us2.nb, style="B",zero.policy=F)
isSymmetric(us2.adj) #comes out false
顺便说一句,我可以使用
splogit
有了这个邻接矩阵没有问题。我不是空间分析专家,所以我不能说我知道这些命令中发生了什么。
最佳答案
矩阵us2.adj
是对称的。问题出在测试上。事实证明
isSymmetric(us2.adj)
用途
all.equal(...)
用它的转置测试矩阵的相等性,和 all.equal(...)
检查属性以及值。 nb2mat(...)
创建一个矩阵,行名称设置为多边形 ID,列名称未设置。所以all.equal(...)
返回 FALSE
因此isSymmetric(...)
也是如此.显然,autologistic(...)
函数使用相同的测试。us2.adj <- nb2mat(us2.nb, style="B",zero.policy=F)
isSymmetric(us2.adj)
# [1] FALSE
isSymmetric(us2.adj,check.attributes=FALSE)
# [1] TRUE
简单的解决方案是将列名设置为行名,或者将行名设置为
NULL
.x <- us2.adj
colnames(x) <- rownames(x)
isSymmetric(x)
# [1] TRUE
y <- us2.adj
rownames(y) <- NULL
isSymmetric(y)
# [1] TRUE
顺便说一句,我认为这个问题在 18 小时内没有得到解答的原因是您没有提供指向 shapefile 的链接。如果您不提供可重复的示例,则成员倾向于忽略或否决该问题。见 this link说明
关于r - 空间权重 : asymmetric adjacency matrix?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/27304797/