r - 将整个数据框中的字母转换为数字

Question

我在应用 chartr() 时遇到问题函数在我的数据框的所有列上将字母转换为数字。

我设法在单列上执行此操作，但我希望能够在整个数据框上执行此操作。这是我的数据示例:

ID = c(1,2,3)
POS1 = c('AG','GC','TT')
POS2 = c('GT','CC','TC')
POS3 = c('GG','CT','AT')
DF = data.frame(ID,POS1,POS2,POS3)

DF$POS1X <- chartr('ACGT','1234',DF$POS1)

  ID POS1 POS2 POS3 POS1X
1  1   AG   GT   GG    13
2  2   GC   CC   CT    32
3  3   TT   TC   AT    44

从代码中可以看出，我想将 A 转换为 1，C 转换为 2，G 转换为 3，T 转换为 4。我有 40 多列，因此重复上述相同的命令 40 多次是不切实际的(特别是如果我稍后遇到同样的问题，比如数百列)

真诚的，
ykl

Answer 1

为什么不使用 lapply ?

DF2 <- DF ## to not overwrite the original DF
DF2[-1] <- lapply(DF2[-1], chartr, old = "ACGT", new = "1234")
DF2
#   ID POS1 POS2 POS3
# 1  1   13   34   33
# 2  2   32   22   24
# 3  3   44   42   14

现在您有两个具有等效列名的数据框，我发现它们比将新列附加到旧数据更容易进行比较。特别是当有很多很多列时。