opengl - 如何可视化生成的 RNA 二级结构

Question

我正在开发一种工具来可视化 RNA 二级结构，为此我实现了 Nussinov 算法，该算法将 RNA 二级结构生成为带有相应索引的列表，代码可以在这里找到 [0]

[0] http://dpaste.com/596262/

但我真的坚持理解我应该如何可视化它(作为平面图)，上面的代码给了我二级结构的顺序列表，所以有人可以建议我如何可视化结构。这样的一个例子工具可以在这里找到 [1]

[1] http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi

我知道有更好的算法，但现在我只想用这个进行可视化，一旦我理解了可视化，我就会去寻找更好的算法。

Answer 1

在算法上可视化 RNA 的二级结构(或任何图形，就此而言)是一个难题。您需要注意尽可能减少重叠，同时保持一致的链接长度。正如其他答案所指出的，您已经可以使用许多现有的实现。我将介绍另一个非常易于使用且无需下载的内容:

forna - nibiru.tbi.univie.ac.at/forna

在这里你只需要输入一个点括号字符串:

>molecule_name
CGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUG
((((((((((..((((((.........))))))......).((((((.......))))))..)))))))))

这将为您提供如下所示的可视化:



这是使用 ViennaRNA RNAplot 程序和 d3 的力导向图算法的组合计算的。