r - 如何控制ggraph中的节点颜色？

Question

我有一个网络图，我想为边着色以匹配它们各自的节点。这在 igraph 中相当直接情节，但我更喜欢做 ggraph因为我喜欢包装提供的其他美学。

似乎对 ggraph 中的节点颜色几乎没有控制。 ;而边缘颜色被广泛覆盖。

我的问题是:如何将我的边与使用自定义函数着色的节点进行匹配，以便“离开”节点的每条边的颜色与其节点相同。这应该有助于人们更轻松地通过网络跟踪流量。一个更普遍的问题是:ggraph 如何在美学论证之外分配颜色。我的问题类似于我之前在这里问过的另一个问题，但反过来(将边与节点匹配)，发现 here .

这是一个可重现的示例:

library(tidyverse)
library(igraph)
library(ggraph)
library(tidygraph)
library(RColorBrewer)

## the custom function using Color Brewer
cols_f <- colorRampPalette(RColorBrewer::brewer.pal(11, 'Spectral'))

## make the graph
g <- erdos.renyi.game(50, .1) 

# provide some names
V(g)$name <- 1:vcount(g)

#plot using ggraph
g %>% 
  as_tbl_graph() %>% 
  activate(nodes) %>% 
  mutate(degree  = centrality_degree()) %>% 
  ggraph()+
  geom_edge_fan(aes(color = as.factor(from),
                    alpha = ..index..),
                show.legend = F)+
  geom_node_point(aes(size = degree), 
                  color = cols_f(vcount(g)), # custom function for node color
                  show.legend = F)+
  scale_color_manual(values = cols_f(ecount(g)))+ # custom function for edge color
  coord_equal()

Answer 1

我个人发现明确地使用 layout对象有助于理解变量映射。

它具有“layout_igraph”+“layout_ggraph”+“data.frame”类并包含

data.frame对于其坐标由 create_layout 定义的节点以及

输入“tbl_graph”+“igraph”对象(见 attributes(layout)$graph)

前者由 geom_node_point 访问绘制节点，后者由 geom_edge_fan绘制边缘。

可以使用ggplot2标准scale_color_manual控制节点的颜色, 边的颜色与 ggraph 相加 scale_edge_color_manual .如果 limits，两者都可以与相同的节点名称~颜色映射一起使用。属性被相应地设置，因为它包含...

a character vector that defines possible values of the scale and their order.

library(tidyverse)
library(igraph)
library(ggraph)
library(tidygraph)

## the custom function using Color Brewer
cols_f <- colorRampPalette(RColorBrewer::brewer.pal(11, 'Spectral'))

## make the graph
g <- erdos.renyi.game(50, .1) 

# provide some names
V(g)$name <- 1:vcount(g)

# plot using ggraph
graph_tbl <- g %>% 
  as_tbl_graph() %>% 
  activate(nodes) %>% 
  mutate(degree  = centrality_degree()) 

layout <- create_layout(graph_tbl, layout = 'igraph', algorithm = 'nicely')

ggraph(layout) +
  geom_edge_fan(
    aes(color = as.factor(from), alpha = ..index..),
    show.legend = F
  ) +
  geom_node_point(
    aes(size = degree, color = as.factor(name)),
    show.legend = F
  ) +
  scale_color_manual(
    limits = as.factor(layout$name),
    values = cols_f(nrow(layout))
  ) +
  scale_edge_color_manual(
    limits = as.factor(layout$name),
    values = cols_f(nrow(layout))
  ) +
  coord_equal()