我正在使用 Rscript
通过 bash 运行 R 脚本,我想指定要传递给脚本本身内函数的参数。具体来说,我想传递指定的参数:
.csv
)和 当列名包含波浪号 (
~
) 时,我遇到了问题。我试过用反引号包裹列名,但仍然不成功。例子
我想编写一个脚本来接收
.csv
中的数据文件格式化并根据用户的选择为一个变量绘制直方图。这是我的功能:
plot_histogram <- function(path_to_input, x_var) {
data_raw <- read.csv(file = path_to_input)
path_to_output_folder <- dirname(path_to_input)
png(filename = paste0(path_to_output_folder, "/", "output_plot.png"))
hist(as.numeric(na.omit(data_raw[[x_var]])), main = "histogram", xlab = "my_var")
replicate(dev.off(), n = 20)
}
让我们在一些假数据上运行它set.seed(123)
df <- data.frame(age = sample(20:80, size = 100, replace = TRUE))
write.csv(df, "some_age_data.csv")
plot_histogram(path_to_input = "some_age_data.csv",
x_var = "age")
正如预期的那样,我得到了一个 .png
与情节的文件,保存到.csv
所在的同一目录中在现在自定义要从命令行运行的 R 脚本
plot_histogram.R
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
## same function as above
plot_histogram <- function(path_to_input, x_var) {
data_raw <- read.csv(file = path_to_input)
path_to_output_folder <- dirname(path_to_input)
png(filename = paste0(path_to_output_folder, "/", "output_plot.png"))
hist(as.numeric(na.omit(data_raw[[x_var]])), main = "histogram", xlab = "my_var")
replicate(dev.off(), n = 20)
}
plot_histogram(path_to_input = args[1], x_var = args[2])
然后使用 Rscript
通过命令行运行$ Rscript --vanilla plot_histogram.R /../../../some_age_data.csv "age"
也有效!但是,如果列名包含波浪号,事情就会中断
第 1 步:创建假数据
library(tibble)
set.seed(123)
df <- tibble(`age-blah~value` = sample(20:80, size = 100, replace = T))
write.csv(df, "some_age_data.csv")
第 2 步:使用 Rscript
:$ Rscript --vanilla plot_histogram.R /../../../some_age_data.csv "age-blah~value"
Error in hist.default(as.numeric(na.omit(data_raw[[x_var]])), main = "histogram", : invalid number of 'breaks' Calls: plot_histogram -> hist -> hist.default Execution halted
底线
使用时
Rscript
,如何传递指定包含波浪号的列名的参数?或者,我该如何解决 .csv
在 Rscript
的框架内,列名中具有这种波浪号格式的文件?谢谢!
最佳答案
您正在成功传递一个参数,该参数指定包含波浪号的列名。然而,read.csv
已“固定”列名,因此它实际上不包含波浪号。read.csv
正在默默地将列名转换为 age.blah.value
.使用 check.names = FALSE
使其成为age-blah~value
.
data_raw <- read.csv(file = path_to_input, check.names = FALSE)
关于r - 在命令行 (shell/bash) : what to do when column names contain tilde (~) 中将参数传递给 R 脚本,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/64598593/